Issu des Troupes de Marine, François Lecointre occupait depuis août 2016 le poste chef du cabinet militaire auprès de Manuel Valls, puis de Bernard Cazeneuve et d'Édouard Philippe. 

Le général Lecointre s'est distingué sur le terrain. Commandant le 3ème RIMa, il participe à la guerre du Golfe en Irak, en 1991, sert en Somalie et à Djibouti, puis au Rwanda lors de l'opération Turquoise, en 1994 . Peu de temps après, il est envoyé en Serbie, et s'illustre lors de la reprise du pont de Vrbanja, à Sarajevo, le 27 mai 1995.

Il a commandé la 9e BIMa (Brigade d'infanterie de marine) de 2011 à 2013, dont l'état major est installé à Poitiers.
La 9e BIMa est composée de cinq régiments :
  • Le régiment d’infanterie chars de marine (RICM) de Poitiers,
  • Le 2e régiment d’infanterie de marine (2e RIMa) de Champagné,
  • Le 3e régiment d’infanterie de marine (3e RIMa) de Vannes,
  • Le 11e régiment d’artillerie de marine (11e RAMa) de Saint-Aubin-du-Cormier,
  • Le 6e régiment du génie (6e RG) d’Angers, devenu officiellement sapeurs de marine en 2006.
C'est la seule grande unité des troupes de marine.