Jean-Pierrre Treiber, Ulrich Muenstermann, l'assassinat de Dominique Marault ou le suicide controversé du gendarme Jambert… Ce sont quelques unes des affaires que François Pérain a eu en charge.
François Pérain quitte la Bourgogne pour Paris, où il prendra ses fonctions de substitut général près la cour d'appel à compter du 4 janvier 2013. Il avait pris ses fonctions à la tête du parquet d'Auxerre en janvier 2006. Il est arrivé alors que l'ombre du dossier Emile Louis planait sur la justice icaunaise, soupçonnée d'avoir été pour le moins négligente dans l'affaire des disparues de l'Yonne.Par la suite, le procureur a eu à traiter d'autres dossiers particulièrement sensibles qui l'ont fait connaître du grand public. C'est le cas notamment pour l'affaire Jean-Pierre Treiber, accusé du double meurtre de Géraldine Giraud et Katia Lherbier. Une très longue enquête, l'évasion rocambolesque du garde forestier, sa cavale très médiatique, son suicide deux mois avant le procès devant la cour d'assises de l'Yonne : autant de rebondissements qu'il aura fallu gérer.
L'action du procureur aura été particulièrement décisive dans l'affaire Muenstermann, le meurtrier de Sylvie Baton, une étudiante avallonnaise. Alors que l'enquête était au point mort depuis plusieurs années, l'intervention de François Pérain a permis de relancer le dossier. Il demandé à ce qu'on récupère des scellés et qu'on procède à de nouvelles analyses ADN. Cela a permis de confondre Ulrich Muenstermann qui était à l'époque incarcéré en Allemagne pour un autre meurtre. Vingt-trois ans après les faits, le meurtrier a été condamné définitivement à la perpétuité en 2012. Plus récemment, le chef du parquet auxerrois a aussi géré l'enquête sur le meurtre de Dominique Marault, l'institutrice retraitée dont le corps a été retrouvé après plusieurs semaines de recherches.
Moins dramatique, François Pérain a eu à traiter plusieurs dossiers impliquant des supporters de foot. Le dernier en date remonte à mai 2012, quand des incidents avaient marqué le match de Ligue 1 AJA-Montpellier, en présence du ministre de l'Intérieur Manuel Valls. L'affaire a été jugée le 13 décembre dernier : à cette occasion, il prononça ses dernières réquisitions en tant que procureur de la République d'Auxerre.
Au-delà de ces affaires particulièrement marquantes, sa mission l'a amené à traiter d'innombrables dossiers : trafic de stupéfiants, accidents de la route, deux accidents ferroviaires, un crash mortel d'hélicoptère et un autre d'avion, violences familiales, vols de carburants, home-jackings, accidents du travail… Il avait d'ailleurs eu l'occasion d'évoquer à plusieurs reprises la charge de travail croissante imposée au personnel de justice. "Les moyens en 5 ans sur cet arrondissement ont été réduits de 25% en termes de budget de fonctionnement. On est à un seuil en-deçà duquel la justice ne pourra pas se rendre correctement dans cet arrondissement", déclarait-il en 2011. Il avait participé en 2011 au mouvement de grève historique, qui avait secoué le monde judiciaire. Tout avait débuté après les propos de Nicolas Sarkozy pointant les "dysfonctionnements graves" de la justice et de la police après le meurtre de la jeune Laëtitia Perrais. Le président de la République avait brandi des menaces de sanctions. Les magistrats s'étaient sentis insultés.
François Pérain, procureur de la République d'Auxerre, rejoint la cour d'appel de Paris, où il va requérir au nom de la société lors des procès d'assises dans le ressort de la cour d'appel de Paris (Melun, Bobigny, Evry, Creteil, Paris, Auxerre). On ne connaît pas encore le nom de son ou sa successeur(e).
