Sept mois après son ouverture, la justice demande à l'université Fernando Pessoa plus de transparence en prouvant son bon fonctionnement. Elle a un mois pour fournir des documents administratifs sous peine d'une astreinte de 500 euros par jour.
Le président de l'université privée a annoncé faire appel de cette décision:
Le parquet de Toulon a ouvert, le 15 mars 2013, une information judiciaire sur le dossier de l'université Fernando Pessoa, suite à la plainte déposée par le ministère de l'Enseignement supérieur en décembre 2012.