Un rapport de l'Agence de l'eau pointe la mauvaise qualité des eaux de rivières et des nappes souterraines en Rhône-Alpes. Il fait également état de l'impact des divers aménagements effectués au fil du temps sur ces cours d'eau.
Selon ce rapport, la moitié des rivières est en "bon ou très bon état écologique" mais c'est un résultat encore éloigné de l’objectif de 66% fixé pour 2015. Outre les pollutions par les pesticides et autres micropolluants, les déformations physiques des rivières sont en tête des causes de dégradation de la faune et de la flore aquatiques. La présence de digues, barrages, canalisations et autres protections contre les crues ont parfois de lourdes conséquences. Ainsi, l'Yzeron, un petit affluent du Rhône, situé au sud de Lyon, est un exemple de ces rivières "artificialisées", voire "urbanisées".
