Selon le nouveau rapport de l'Agence l'eau Rhône-Méditerrannée-Corse, qui effectue 3 millions de prélèvements et d'analyses chaque année, l'état écologique de la moitié des cours d'eau est bon ou très bon... Un résultat en-deça des objectifs fixés par le Grenelle de l'environnement.
Les facteurs de dégradation de la flore et de la faune aquatiques sont les déformations physiques des rivières et la pollution.
Dans le bassin Rhône-méditerrannée, 60% des rivières ont vu leur débit ralenti ou leur cours modifié ou cloisonné par des seuils ou des barrages, ce qui provoque l'appauvrissement génétique, voir la disparition de certaines espèces de poissons.
Par ailleurs, les pesticides polluent 40% des cours d'eau du bassin et 20% des nappes phréatiques : des résidus du désherbant "Round up" et de 49 autres substances désormais interdites à la vente, issues de la culture des la vigne, de la lavande ou des arbres fruitiers. A ce sujet, deux territoires sont très suspects aux yeux de l'Agence: certaines parties du Beaujolais et du Roussillon."Notre système d'investigation est aujourd'hui beaucoup plus sophistiqué", souligne le responsable de l'Agence, ce qui permet aussi de plus en plus de tracer l'origine
Les produits d'origine agricole persistent alors que les rejets de matières organiques (phosphates, amonium) ont été divisés par deux en dix ans grâce à la multiplication et à l'efficacité accrue des stations d'épuration. Si l'amélioration des nappes est un travail de longue haleine, des actions ciblées sur des cours d'eau peuvent être immédiatement efficaces: nouvelle station d'épuration,bras de rivière réalimenté, méandres d'un cours d'eau rétablis, etc.
L'application pour smartphones "Qualité des rivières", qui sera disponible à partir de juin 2013, permettra de satisfaire une certaine curiosité et de connaître la qualité de chaque cours d'eau: la moitié seulement sont en "bon ou très bon état écologique".