Dans le Puy-de-Dôme, une trentaine de cas de variant Omicron ont été identifiés par le laboratoire Gen-Bio. D’après le responsable de la structure, ce variant pourrait devenir majoritaire dans les prochaines semaines.
L’Auvergne n’échappe pas à la 5e vague de virus du COVID. A Clermont-Ferrand, le laboratoire Gen-Bio a été retenu par Santé Publique France pour traquer le variant Omicron. Thomas Duret, biologiste et directeur général de Gen-Bio, explique comment son laboratoire procède : « On recherche le variant Omicron par séquençage sur la plateforme des Gravanches. On séquence tous les tests positifs que l’on a sur nos 34 laboratoires : dans le Puy-de-Dôme, l’Allier, le Cantal, la Haute-Loire, le Centre-Val de Loire, la Lozère. On séquence de manière aléatoire des tests positifs qui viennent de tout le sud de la France. On a été retenu au même titre que 7 autres laboratoires pour participer à ce séquençage et voir la circulation des variants et leur proportion ».
Un variant qui progresse
Il ajoute : « Dans le Puy-de-Dôme, on a identifié un premier cas Omicron dimanche 12 décembre. Dans la semaine, on a confirmé par séquençage une trentaine de cas ». Selon Thomas Duret, le variant Omicron pourrait rapidement prendre le pas sur le variant Delta : « Pour le moment, dans le Puy-de-Dôme, le variant Delta reste majoritaire mais on voit que la part de Omicron augmente au fur et à mesure. Tout laisse à penser que ce variant va devenir majoritaire dans les prochaines semaines ». Au 17 décembre, 347 cas confirmés d'infection par le variant Omicron ont été recensés en France, selon Santé Publique France.
Le rôle du séquençage
Le directeur général de Gen-Bio rappelle l’utilité du séquençage des tests : « Le séquençage permet d’avoir une surveillance de la circulation des variants, de pouvoir caractériser le virus qui circule sur le pays. Ensuite, cela permet de s’adapter et d’avoir des mesures hospitalières ou des politiques de santé publique en fonction du variant qui circule. Cela permet de ne pas attendre qu’un variant soit majoritaire mais de le détecter dès qu’il commence à apparaître sur le territoire ».
2 000 tests PCR par jour sur les sites du Puy-de-Dôme
Dans les différents sites du laboratoire du Puy-de-Dôme, l’activité est toujours très soutenue : « Dans le Puy-de-Dôme, on pratique environ 2 000 tests PCR par jour, ce qui est un niveau très élevé. On est quasiment à un niveau le plus haut historique ». Thomas Duret ajoute : « Le taux de positivité est aussi très haut, avec 13 % dans le Puy-de-Dôme. Ce sont beaucoup de cas symptomatiques qui viennent se faire tester ou des contrôles de tests antigéniques ou d’autotests positifs ».
Se faire tester avant les fêtes
Selon le biologiste, les personnes souhaitent se faire tester avant les fêtes et suivent les préconisations gouvernementales : « Sur notre plateforme de rendez-vous en ligne, notamment sur les Gravanches, on a déjà toutes les plages horaires qui sont prises pour des rendez-vous. Il y a cette responsabilité des personnes qui veulent se faire tester avant les fêtes, conformément aux recommandations. Se tester et appliquer les gestes barrières permet de ralentir la diffusion ». Mais face à cette forte demande de tests, le laboratoire va devoir effectuer des choix : « On va surtout prendre les urgences médicales car sur rendez-vous, il est difficile d’ouvrir plus de créneaux. On va le faire pour les urgences médicales et les patients symptomatiques avec prescription. On a 600 rendez-vous par jour de calés. On a renforcé nos équipes mais, comme toutes les professions médicales sur le front depuis 2 ans, les équipes sont fatiguées. On a un turn-over qui est important donc on a moins de personnel pour prélever que lors de pics précédents. C’est très difficile pour nous ».
"On espérait une fin d’année avec un peu plus de sérénité"
Pour Thomas Duret, la situation est encore très tendue : « On est au pic Delta mais il peut encore se prolonger. Ensuite, ça va être Omicron donc on va avoir une sollicitation pendant plusieurs semaines. Ce sont des moments tendus pour nos équipes. On espérait une fin d’année avec un peu plus de sérénité mais c’est à nouveau très difficile pour nos laboratoires ».
Pour la semaine glissante du 10 au 16 décembre, dans le Puy-de-Dôme, le taux d’incidence est de 477,4 pour 100 000 habitants d’après les données de Santé Publique France.
Le 19 décembre, dans le département, on comptait 154 personnes hospitalisées pour cause de COVID.
Parmi elles, 27 personnes étaient en réanimation dans le Puy-de-Dôme.
