Covid-19 : le variant indien progresse en Nouvelle Aquitaine malgré une stabilité des chiffres de contaminations

Bien qu'à la baisse, les chiffres de l'épidémie restent élevés en Nouvelle Aquitaine. Des foyers de contaminations impliquant le variant indien (Delta) ont été détectés dans les Landes. L'ARS va renforcer les opérations de dépistages et de séquençage afin de traquer les mutations sur les variants.

Test de dépistage du Covid-19 (illustration).
Test de dépistage du Covid-19 (illustration).

En Nouvelle Aquitaine, c'est essentiellement le variant anglais, identifié scientifiquement sous le code 20I/501Y.V1 qui est présent à 89,1%. Or, 2% des contaminations concernent les variant sud-africains (20H/501Y.V2) et brésilien (20J/501Y.V3). Alors quid des 6,1% ? S'agit-il de variants inconnus, non-identifiés, ou du fameux variant indien ?

Des mutations plutôt que des variants

France Dupuis, médecin à la Cellule Régionale d'Appui et Pilotage Sanitaire à l'ARS Nouvelle Aquitaine, explique que le fameux variant indien ne serait pas forcément responsable de ce qui se produit en ce moment. "On est en train de changer de stratégie. On parlait de variants jusque là et on s'est rendu compte que certaines mutations étaient présentes sur plusieurs variants. Donc plutôt que de chercher à différencier les variants, on va chercher les mutations". "Jusqu'au 15 juin, les laboratoires continuent à cribler l'Anglais, le Sud-Africain, le Brésilien mais à partir du 15 juin, ils cribleront les mutations 484Q, 484K et L452R".

Des mutations que l'on peut retrouver sur n'importe quel variant. Des analyses sont également en cours pour vérifier si ces mutations favorisent la transmission du virus ou si elles sont plus résistantes aux vaccins.

Des clusters dans les Landes

On recensait, ce 4 juin, 31 cas de variants indien sur une quinzaine de foyers de contamination, dont un professionnel qui concerne le Centre Leclerc de St Vincent de Tyrosse où il pourrait y avoir eu entre 10 et 20 cas de contaminations.

Une cinquantaine de cas positifs sont en cours d'analyse notamment au centre de référence de Lyon.

Les cas identifiés n'auraient eu aucun contact avec des voyageurs venant du Royaume-Unis ou d'Inde où il circule activement. Ce qui n'est, pour l'heure, pas le cas en France ni en Nouvelle-Aquitaine où sa présence reste rare.

Mais au delà de ces foyers, c'est une opération globale de séquençage qui est mise en oeuvre par l'Agence de santé. Ainsi, dans ce département, des séquençages vont être faits sur des prélèvements déjà effectués auprès de cas de contamination récents. "Des tests aléatoires pour voir si en dehors des situations individuelles où on sait qu'il y a du variant indien, il n'y a pas d'autres foyers", explique le Dr Dupuis. On cherchera à identifier ce variant indien, mais surtout désormais ces nouvelles mutations portées par les variants qu'ils soient indien, anglais, brésilien ou sud-africain.

Par ailleurs, l'ARS Nouvelle-Aquitaine devrait renforcer ces prochains jours, les opérations de dépistage, dans les écoles, les entreprises du département, pour contribuer à ces analyses et déterminer la présence éventuelle de ces mutations parmi les nouveaux cas de contamination à la Covid-19.

Point de situation COVID-19 en Nouvelle-Aquitaine

Ce 4 juin, l'ARS de Nouvelle Aquitaine livre un constat mitigé sur la présence de la Covid-19 dans la région. Car la "circulation du virus est relativement stable, mais les indicateurs restent à un niveau élevé en Nouvelle-Aquitaine. La vigilance est toujours de mise, compte tenu de l’allègement progressif des mesures et du risque de relâchement que cela pourrait entraîner, susceptible à terme d’aggraver la situation".

Sauf pour le département des Pyrénées-Atlantique qui accuse, lui, voit son taux d'incidence augmenter d'un point.

© Santé Publique France

Le taux de dépistage diminue légèrement semaine 21 pour s’établir à 2 585 pour 100 000 habitants.

La bonne nouvelle c'est que l’occupation des lits pour COVID-19 en Nouvelle-Aquitaine diminue pour la 4ème semaine consécutive.

Denis Malvy alerte sur le relâchement

L'infectiologue bordelais (dans une interview accordé à 20 minutes) met en garde sur les risques d'un relâchement à l'heure des réouvertures notamment des bars et restaurants. "D’une manière générale, le virus continue à circuler, et il s’exprime dans le Sud-Ouest sous la forme de variants, qui sont responsables de clusters, comme le variant autochtone que l’on a eu dans le quartier Bacalan à Bordeaux". "Les variants sont très transmissibles, mais heureusement ils restent aux alentours des 4-5 % dans la région. Le fait qu’il y ait des clusters de variants, soit importés, soit autochtones, signifie simplement qu’il y a de la circulation du virus".

Et bien-sûr, il ne peut pas s'empêcher de voir que l'ambiance est favorable à cette circulation  : "je vois des terrasses de restaurants pleines à craquer, avec des gens sans masque bien sûr…"

Et l'infectiologue d'insister sur cette période clé avant l'été pour ne pas reproduire le schéma de la rentée 2020 : "ma position, c’est qu’on a quinze jours devant nous si on veut avoir un été tranquille et éviter une reprise épidémique à l’automne. Il faut agir tout de suite là où le virus circule le plus fort". "On a de quoi déployer un arsenal efficace, pourvu qu’on s’y prenne maintenant. Nous avons des signes avant-coureurs, il faut anticiper, tout de suite".

Vaccination des Néo-Aquitains

D'après le communiqué de l'ARS Nouvelle Aquitaine, au 2 juin, 2 594 421 Néo-Aquitains ont reçu au moins une dose de vaccin (43,2%) et 1 300 848 ont reçu les deux doses (21,7%).

La Nouvelle-Aquitaine est la 2ème région métropolitaine en termes de couverture vaccinale une dose (43,2 %), juste après la Corse (43,3 %). 

Parmi les personnes qui ont reçu au moins une dose de vaccin : 71,6 % ont été vaccinés avec le vaccin Pfizer-BioNTech, 17,9 % avec le vaccin AstraZeneca, 9,1 % avec le vaccin Moderna et 1,4 % avec le vaccin Janssen.

© Santé Publique France

Espacer les deux doses

Dans ce contexte de vacances d'été, il a également été décidé de permettre d'allonger le délai pour administrer la 2ème dose de vaccins (uniquement pour les vaccins ARN-Messager, Pfizer et Moderna). Il sera possible d’allonger de 6 à 8 semaines au lieu des 7 semaines de façon fixe, comme c’est le cas actuellement.

Cette mesure est prise aussi "pour ne pas freiner les prises de rendez-vous au mois de juin" et que les personnes candidats au vaccin puissent le faire sur le même site (la première et la deuxième dose), le cas échéant avant et après leur prise de congés.

Et les adolescents?                                                                                    

Ce 4 juin, l'agence de santé confirme qu'à partir du 15 juin, "il sera possible aux  adolescents âgés d’au moins 12 ans de se faire vacciner. Les réservations seront progressives, de nouveaux créneaux seront mis en ligne chaque jour sur les différentes plateformes (doctolib, Keldoc, Maïa)".

Ces jeunes bénéficieront du vaccin Pfizer, qui est le premier à avoir reçu le feu vert pour être utilisé dans l'Union européenne chez les 12-15 ans. Une autorisation parentale sera nécessaire.

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