Coronavirus : analyser les eaux usées autour de l'étang de Thau pour suivre l'évolution de l'épidémie

C'est une étude novatrice qui débute aujourd'hui pour le Bassin de Thau. Une start-up montpelliéraine va analyser les eaux usées des agglomérations autour de l'étang pour estimer l’évolution de la circulation du coronavirus et anticiper un éventuel rebond de l’épidémie.
La ville de Mèze, au bord de l'étang de Thau, dans l'Hérault.
La ville de Mèze, au bord de l'étang de Thau, dans l'Hérault. © Ville de Mèze
L'idée est plus limpide que les eaux qui vont être analysées... Puisqu'on sait maintenant repérer et quantifier les fragments d'ARN du coronavirus présents dans les eaux usées, le syndicat mixte du Bassin de Thau (SMBT) vient de commander une analyse des eaux usées à grande échelle sur les principaux sites de son réseau d'épuration.
 

Premières analyses aujourd'hui


Les premiers prélèvements (automatiques) ont débuté la nuit dernière. Ils dureront 24 heures mais dès ce mercredi midi, le laboratoire montpelliérain de pointe (IAGE) qui participe à l'étude disposera déja de "matière"et procédera aux analyses dans la foulée. Les premiers résultats seront connus dans la soirée de mercredi. Il faudra attendre au moins une semaine et la deuxième série de tests pour commencer à dégager une première tendance, à savoir si la baisse de la pandémie se confirme ou au contraire s'infirme. 

Attention, cette étude est bien menée dans le système d'assainissement des eaux usées des communes, et non dans l'étang lui-même. Les prélèvements sont faits en amont des stations d'épuration, dont l'écosite de lagunage de Mèze/Loupian qui purifient l'eau avant qu'elle rejoigne l'étang. Aucune présence de traces du coronavirus dans l'étang de Thau n'est avérée et à fortiori l'eau de la Méditerranée n'est pas contaminée.  

La présence du virus dans les eaux usées reflète la contamination


Des études récentes, en particulier celles menées dans l’agglomération parisienne, ont montré que la quantité de coronavirus détectée dans les eaux usées reflète le niveau du virus dans la population. Une fois excrété par le corps, le virus se retrouve en effet dans les selles et donc dans les eaux usées. A ce stade, il présente peu de risque d’être infectieux et est sans conséquence pour l’environnement mais sa détection pourrait permettre de suivre l’évolution de l’épidémie.

Une méthode qui est déjà utilisée depuis longtemps aux Etats-Unis où l'efficacité des campagnes de vaccination contre la polio est vérifiée par l'analyse comparative des eaux usées avant et après, pour voir l'évolution de l'épidémie en examinant les fragments d'ARN du virus présents dans le réseau des eaux usées. 

"Quand la crise du coronavirus est arrivée, on a vu les premières publications en Chine et aux Pays-bas sur la possibilité de tracer la pandémie en étudiant les rejets humains présents dans les circuits menant aux stations d'épuration" explique Stéphane Roumeau, chargé de mission innovation au syndicat mixte du bassin de Thau.
"Et comme on travaille au niveau environnemental avec une start-up de Montpellier en pointe sur ce traçage, on a pensé qu'il serait intéressant de lancer l'expérience avec eux. Ils ont affiné le process et on a défini différentes zones de prélévements sur tout le territoire autour de l'étang de Thau." 


Mettre en place un "système d'alerte" à partir des eaux usées 


Les fragments du virus excrétés par le corps sont détectables en moyenne quatre jours après la contamination alors que les premiers symptômes peuvent survenir quinze jours plus tard. D'où l'importance d'étudier en amont régulièrement ces eaux usées. 

"L'analyse de ces eaux permet de gagner 4 jours sur la simple observation des premiers symptômes" explique Franz Durandet, le président d' Ingénerie et Analyse en Génome Editing ( IAGE), le laboratoire montpelliérain missionné par le SMBT pour tester les prélèvements du bassin de Thau. 

"On est en contact avec l'ARS qui a priori est intéressée par nos résultats même si le système d'alerte sanitaire n'a pas encore modélisé la prise en compte de l'analyse des eaux usées" précise Stéphane Roumeau du SMBT.

 

La start-up IAGE utilise un procédé jusque là réservé au monde médical


Spécialisée dans la recherche génétique au service de l’environnement, la start-up IAGE, une petite structure de 5 personnes implantée à Agropolis, a développé un procédé original qui est déjà utilisé en médecine, notamment pour les cancers mais n'était pas, jusqu'ici appliqué à l'étude des eaux usées.
Les prélèvements d'eaux usées analysés par PCR digitale révèleront les traces de COVID19 dans le bassin de population de Thau.
Les prélèvements d'eaux usées analysés par PCR digitale révèleront les traces de COVID19 dans le bassin de population de Thau. © IAGE

Cette technologie, la PCR digitale, permet, comme ses versions antérieures, de mettre en évidence les fragments d'ADN du virus en amplifiant leur zone spécifique (par une réaction de polymérisation). La nouveauté, c'est qu'on peut maintenant quantifier avec certitude ces fragments, et donc comparer, avec des prélèvements d'eaux usées sur plusieurs semaines leur nombre pour savoir si sur la zone observée, le coronavirus a tendance à augmenter ou au contraire à diminuer.

"L'intérêt de travailler avec le Bassin de Thau, c'est d'abord que tous les prélèvements sont automatisés car il y a longtemps que les eaux usées sont surveillées et analysées afin de préserver l'étang et les ostréiculteurs" précise le président de l'IAGE, Franz Durandet. "Ce qui veut dire aussi que les paramètres de débit sont très bien connus et l'analyse est donc plus fine".
 

Les secteurs du bassin de Thau analysés

 

"On a bien sur privilégié les zones à plus forte densité humaine, explique Stéphane Roumeau du SMBT. Les stations d'épuration de Sête et de Mèze, mais aussi Marseillan. Et puis on a aussi tenu à analyser les eaux usées du côté de la sortie de l'hôpital de Sète. On a comme ça un bon panel".

Pour Mèze et Loupian, les eaux usées sont prélevées avant l'arrivée à l'écosite de la station de lagunage.
Pour Mèze et Loupian, les eaux usées sont prélevées avant l'arrivée à l'écosite de la station de lagunage. © Ville de mèze

L'analyse devra bien sur pondérer ses résultats en prenant en compte la longueur des différents réseaux d'assainissement, qui joue sur le temps de vie de ces brins d'ADN. 

Mais globalement, selon le SMBT, cela parait intéressant d'observer la dynamique du coronavirus dans les différents secteurs de ce bassin de vie, surtout si on le croise avec l'afflux touristique attendu malgré tout en début d'été dans le secteur de Sète et tout autour de l'étang de Thau.

L'étude, menée par Lab Thau, la plateforme d’innovation territoriale du bassin de Thau, sera suivie pendant 3 semaines. Aux acteurs locaux ou sanitaires de s'en saisir ensuite quand elle aura confirmé sa pertinence.

 
Lab' Thau, plateforme d'innovation pour la transition écologique de ce territoire littoral

Ce procédé va être expérimenté dans le cadre de Lab’Thau, qui expérimente des idées nouvelles au service de l'environnement autour de l'étang de Thau. En intégrant la plateforme, la start-up IAGE est accompagnée par des acteurs et partenaires scientifiques du territoire et notamment de l'Institut de Recherche pour le Développement de Montpellier, de la région Occitanie et de Sète agglopôle Méditerranée, gestionnaire du réseau d’assainissement. Elle s’appuie également sur la connaissance du fonctionnement des réseaux d’assainissement développée par le SMBT depuis plus de quinze ans pour veiller sur la qualité de l’eau de la lagune.
Une quinzaine de projets sont actuellement développés par Lab'Thau. Parmi eux, la couverture photovoltaïque des tables à huîtres de l'étang pour pouvoir oxygéner les coquillages régulièrement menacés par la malaïgue et la création de récifs artificiels pour protéger la faune et la flore de l'étang de Thau.
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