D'une pénurie à un objectif de 700 000 tests par semaine, les laboratoires sont devenus un maillon essentiel de la chaîne de lutte contre le Covid-19. Ils doivent faire face à l'inquiétude grandissante de personnes se présentant dans les centres de dépistage.
Le geste est devenu plus précis au fil des semaines. De nombreux biologistes et infirmiers se sont formés de façon expresse au prélèvement par écouvillon, qui consiste à introduire une sorte de coton-tige au fond du nez jusqu'au pharynx pour y récupérer du mucus qui sera ensuite analysé. "On est tous formés mais on ne le faisait pas souvent. Certains d'entre nous ont dû réapprendre, et l'on a de bons tutoriels sur internet", explique Sophie (qui a souhaité rester anonyme), directrice de sites appartenant aux laboratoires Biopath-Unilabs.
Comme de nombreux secteurs de métiers, il leur a fallu tout inventer très rapidement. "On a ouvert des drives, ce sont de véritables mini-laboratoires. C'est une nouvelle activité qui a pris une grande place dans notre temps de travail", poursuit cette biologiste. Désormais, ce sont 25 à 30 personnes qui sont prélevées chaque jour sur ces sites, avec un temps d'attente de 3 à 4 jours, hors urgences.
Deux types de tests y sont pratiqués : les tests RT-PCR par tampon nasal, et les tests sérologiques par prise de sang. "Cela représente 20% de nos bilans pour les tests RT-PCR et environ 10 % pour les sérologies", explique Sophie.
Des dizaines de milliers de tests par jours
Une grande partie de ces tests sont ensuite envoyés à des laboratoires qui possèdent la technologie pour les analyser. Il existe deux réseaux en France : Cerballiance et Eurofins Biomnis.Ces derniers affirment avoir considérablement développé leurs capacités de traitement des échantillons mais refusent de communiquer des chiffres précis. Tout juste expliquent-ils pouvoir pratiquer jusqu'à 40 000 analyses (de détection du Covid-19 mais aussi d'autres maladies) par jour en France. Le laboratoire analyse aussi des prélèvements venant d'autres pays européens.
"Pour faire une RT-PCR ou une sérologie, on sait faire. Mais la différence, c'était la volumétrie. Même lorsqu'il y a une épidémie de dengue, cela n'a rien à voir avec les volumes pour le Covid-19. Nous avons eu des difficultés pour la monté en capacité pour produire des tests RT-PCR", indique Gabriel Julia, vice-président d'Eurofins.
L'exemple allemand
Ces deux tests sont aujourd'hui ceux qui permettent de dépister de façon la plus fiable si un patient est infecté ou non. Le test RT-PCR permet de détecter directement la présence de virus (dénommé SARS-CoV-2) chez un patient. Mais la durée de détection est limitée. "Il ne donne les meilleures réponses que lorsque le virus est présent : en gros dans les 1 ou 2 jours qui précèdent le début des symptômes et atteint son pic dans la semaine qui suit leur apparition", précise UFC Que-Choisir.Le test sérologique est lui pertinent sur la période allant d'une à deux semaines et jusqu'à sept semaines après le début des symptômes. Cette technique analyse les anticorps présents dans le sang (surtout les immunoglobulines IgG, IgM et IgA).
"Ces tests sont différents. Le RT-PCR va avoir une grande valeur de diagnostique alors que les tests sérologiques sont utiles plus tard. Certains anticorps sont précoces, d'autres plus tardifs. Le test sérologique peut montrer une immunité", explique Gabriel Julia. Quand on conseille une tactique de dépistage, on conseille un mélange des deux. Les pays qui s'en sortent le mieux sont ceux qui testent beaucoup. En Allemagne, dès le départ, les laboratoires publics ont testé en partenariat avec les laboratoires privés, ce que l'on fait aujourd'hui en France."
Néanmoins, ces tests ne sont pas totalement fiables rapporte UFC-Que Choisir. S'agissant des tests RT-PCR, ils ont une sensibilité de 70% environ (30% peuvent être des faux négatifs). Les tests sérologiques sont plus fiables mais 10% des personnes testées peuvent être non-identifiées.
"Dépister les gens qui ont un doute"
Si l'objectif de dépistage de 700 000 personnes par semaine semble être en passe d'être atteint, la sécurisation des approvisionnements des éléments permettant ces tests n'est pas encore totalement assurée."Cela nous a montré un enseignement très simple : le monde entier a eu des pénuries sur pas mal de choses : les masques, les écouvillons, les réactifs et divers équipements. Cela reste un challenge de sécuriser la chaîne d'approvisionnement", prévient le dirigeant du laboratoire.
Car nul ne sait comment l'épidémie va évoluer et si la France et d'autres pays européens vont devoir faire face à une seconde vague. "Ne tester que les symptomatiques ne permet pas de ralentir la propagation. Dans cette période de déconfinement, il est très important de dépister les gens qui ont un doute. Or il y a encore une incertitude sur la capacité globale de prélever tous les gens qui devraient l'être. A un moment, les autorités et les laboratoires devront se poser la question du prélèvement", pense Gabriel Julia.
D'autant plus que construire des centres uniquement dédiés au dépistage du coronavirus est particulièrement difficile dans une région très dense comme l'Île-de-France qui ne possède que peu d'espace disponible.
Comment se faire dépister ?
A Paris et en Île-de-France, les centres de dépistage du SARS-CoV-2 se sont multipliés. Mais les patients ne doivent pas s'y rendre de façon spontanée. Ils doivent impérativement être munis d'une ordonnance. Ces centres sont répertoriés sur la plateforme Doctolib.Une fois le rendez-vous pris, le patient peut s'y rendre en voiture ou à pied selon le lieu choisi.
En cas d'urgence, c'est le médecin généraliste qui prévient un des laboratoires qui accordent alors un créneau.
Si une personne est testée positive, le biologiste prévient le médecin prescripteur et le résultat est transmis au SIDEP (Système d'information national de dépistage du Covid-19). Il s'agit d'une "base nominative qui contiendra l’intégralité des résultats des tests PCR qui seront réalisés à partir du 11 mai", indique Le Monde qui précise que "le but principal du Sidep est de 'déclencher le contact-tracing le plus rapidement possible'". Le fichier est hébergé par l'AP-HP.
