Coronavirus : avec son nouveau robot, le CHU de Nantes pourra réaliser 2 000 tests Sars-CoV-2 de plus par jour

Le Centre Hospitalier Universitaire de Nantes avait jusqu'à maintenant la possibilité grâce à ses équipes de réaliser 1 000 tests de détection du Sars-CoV-2 par jour. Le robot dont il vient d'être doté par l'Etat va lui permettre d'en réaliser quotidiennement 2 000 de plus.

C'est au tout début du mois d'avril que l'Etat via l'Agence Régionale de la Santé a sollicité le CHU de Nantes pour lui proposer d'accueillir une plateforme haut débit de dépistage du virus Sars-CoV-2, responsable de la maladie Covid-19.

Naturellement, l'unité qui abrite déjà le plateau technique biologique du CHU à l'hôpital nord Laennec, à Saint-Herblain, a été identifiée comme le lieu le plus pertinent.

21 robots ont été achetés par la France à la Chine qui en a doté chacune des régions. 

Un outil ultraperformant nous dit-on, qui va permettre de mutltiplier les tests indispensables à la lutte contre le coronavirus.
 

2 000 tests de plus par jour

Jusqu'à maintenant, les échantillons provenant de prélèvements nasopharyngés était analysés par les équipes de ce laboratoire. La capacité maximum de la plateforme était de 1 000 tests par jour. 

Le robot, opérationnel depuis le 18 mai, peut à lui seul séquencer 2 000 prélèvements (provenant de toute la région) qui seront ensuite analysés par deux thermocyleurs.

Car l'opération se fait en plusieurs étapes.

D'abord, le prélèvement qui se fait sur le patient et qui est placé dans un petit tube.  Lequel est confié au laboratoire pour les deux étapes suivantes. Sur place, les données d'identification du prélèvement sont enregistrées. Le prélèvement est ensuite déposé par un technicien de laboratoire sur une plaque pouvant accueillir jusqu'à 96 échantillons.

C'est ensuite que la plaque est déposée dans le robot qui va réaliser son travail de séquençage, c'est à dire qu'il va extraire les ARN présents. Le génome, qui est la plus petite molécule présente dans toutes nos cellules, est un ADN (acide désoxyribonucléique). Pour les virus, c'est un ARN (acide ribonucléique). Mais pour l'identifier et dire de quel virus il s'agit, il faut le trouver et le séparer de son environnement.
 

Les virus sont attirés par des billes 

L'opération se fait grâce de minuscules billes contenant une charge électrique positive qui vont s'agglomérer par réaction aux virus, contenant, eux, une charge négative.

Il faut ensuite réaliser une élution* pour séparer le virus des billes par un procesus d'aimantage et vient enfin la dernière étape.Car le robot seul ne suffit pas à pratiquer l'analyse complète, il ne fait que séparer les virus des autres composants présents. Ce qui se faisait auparavant "manuellement" par les techniciens de laboratoire et prenait beaucoup plus de temps.

Il faut ensuite identifier les virus pour savoir si le Sars-CoV-2 est présent.

Ce sera le travail des deux themocycleurs placés dans la pièce voisine. L'un a été prêté par les laboratoires Roche, fournisseurs de l'hôpital, l'autre par l'INSERM de Nantes dont un technicien de laboratoire est également venu prêter main forte depuis le confinement. Le thermocycleur va pouvoir travailler sur les données fournies par le robot et déterminer si le Sars-CoV-2 est présent ou non.

En seulement 1h30, on peut analyser 200 échantillons. On est ainsi passé d'une capacité de 1 000 à 3 000 tests par jour. Ce qui est bien au delà des besoins actuels. 

Mais avec la recherche des cas contacts lors de la détection de patients Covid, et si une deuxième vague venait à relancer la pandémie, une telle plateforme haut débit sera un atout majeur. C'est aussi à proximité de l'hôpital nord Laennec, à Saint-Herblain, que se trouve le "drive" de prélèvements, rue des Piliers-de-la-Chauvinière.

Les personnes présentant les symptômes du Covid peuvent s'y présenter après avoir pris rendez-vous et seulement sur ordonnance ou recommandation des brigades sanitaires missionnées pour identifier et appeler ces cas contacts. Ce "drive" peut effectuer une centaines de prélèvements par jour.

Lorsqu'une personne sera atteinte du coronavirus, une enquête sera menée avec son accord pour identifier les personnes (20 à 25 en moyenne) avec qui elle aura eu un contact rapproché dans les 48h qui précèdent et ces personnes seront invitées à se faire tester.  Le robot dont a été doté le CHU de Nantes a coûté entre 200 et 250 000 €. Cet investissement pour un outil pour le moment sous-utilisé, ne sera pas à perte une fois passée la pandémie. Il pourra en effet servir dans d'autres recherches de génomes, ADN ou ARN. 

On pense notamment à l'identification de maladies rares qui nécessite de pouvoir "voir" ce qui dysfonctionne dans une chaîne ADN.

* Elution: action de séparer un matériau d'un autre.

Que deviennent les résultats des analyses ?

Chaque prélèvement est associé à une personne sur la plateforme SIDEP (Service Intégré de Dépistage et de Prévention) créé par le Ministère de la Santé. 
Après validation, le résultat du test est envoyé sur cette plateforme. Le patient, son médecin traitant et le médecin prescripteur, s'il est différent, sont avertis de la disponibilité du résultat.