On les dit plus virulents et résistants aux vaccins. Alors que la France s'apprête à se déconfiner, ils menacent le pays d'une quatrième vague cet été. A Marseille, des laboratoires privés traquent les variants du Covid, en plus du réseau national Emergen.
20I/501Y.V1, 501Y.V2, B.1.617. Il ne se passe pas un jour sans qu'on ne parle d'eux et pourtant personne ne connaît leurs véritables noms. On les identifie par le pays où ils ont fait leur première apparition. Le "Britannique", le "Sud-Africain", l'Indien".
Plus contagieux que le virus original, les variants font peur. Ils semblent provoquer plus de cas graves chez les patients plus jeunes et sans comorbidité. Les virus "mutants" sont la bête noire des autorités sanitaires. La menace d'une quatrième vague qui nous renverrait à un énième confinement cet été.
Surveiller et traquer les nouvelles souches du virus
Seule parade, le séquençage génomique qui permet de surveiller la circulation des variants. Mais il n'est pas systématique. Jusque-là, la France le réservait aux quatre plateformes nationales, appelées consortium Emergen, dont celle de l'IHU du professeur Raoult à Marseille.
Depuis plus de 2 mois, le laboratoire privé Alphabio participe aussi à la traque, avec ses 26 laboratoires autour de Marseille, dans le cadre d'un protocole expérimental mis en place par l'ARS Paca.
Il y a urgence à mettre à contribution "toutes les forces qui ont une capacité de séquencer", selon Philippe Halfon, virologue-infectiologue, directeur d'Alphabio.
"J'ai peur que tous les efforts de cette vaccination et du confinement soient complètement anéantis si on a l'émergence d'un nouveau variant qui échappe à la vaccination et surtout s'il n'a pas été détecté et isolé à temps. Cette surveillance est indispensable", souligne-t-il.
Une cartographie des variants qui circulent
Avec ce renfort privé de proximité, l'ARS Paca va pouvoir établir une cartographie locale des souches qui circulent en temps réel.
"L'intérêt, c'est surveiller les mutations dont on sait qu'il peut y avoir une conséquence sur la transmibilité ou gravité de l'infection, et surtout les nouveaux variants qui peuvent circuler dans la région", explique Laurent Peillard, responsable du département biologie de l'ARS Paca.
D'autres laboratoires privés vont venir renforcer les capacités de séquençage. "On a besoin d'augmenter nos capacités de séquençage à au moins 8 000 par semaine", précise Laurent Peillard.
A l'heure actuelle, le variant anglais reste "ultra majoritaire dans la région" selon l'ARS. Il représente autour de 90 % des cas positifs.
