En Auvergne-Rhône-Alpes, 2 cas du variant anglais du COVID 19 ont été détectés par l’ARS (Agence Régionale de Santé). Pour éviter la propagation de ce virus, des mesures de tracing et de dépistage ont été mises en place. Ce variant inquiète par sa contagiosité.
Face à la découverte d’un variant du COVID 19 venu du Royaume-Uni et de l’Afrique du Sud fin décembre, puis la découverte de cas sur le territoire français, l’ARS Auvergne-Rhône-Alpes a dû adapter ses investigations afin de le détecter et d’empêcher sa propagation. A ce jour, deux cas confirmés de ce variant ont été identifiés par l’ARS depuis fin décembre dans la région, en Haute-Savoie. « On a actuellement des cas possibles ou probables qui sont en cours de séquençage par le CNR (Centre National de Référence). Par ce fait, on aura sûrement des nouveaux cas confirmés de ce variant qui apparaîtront dans le point épidémiologique de Santé Publique France vendredi », explique le docteur Anne-Sophie Ronnaux-Baron, responsable du pôle régional de veille sanitaire à la direction de Santé Publique de l’ARS.
Un variant plus contagieux
Elle précise que l’ARS est particulièrement vigilante face à ce nouveau variant en raison de sa contagiosité : il serait en effet entre 30 et 70% plus contagieux que le COVID que l’on connait habituellement. « A ce jour, on n’a pas enregistré une sévérité plus importante mais il est beaucoup plus contagieux. Actuellement, un certain nombre de sources nous communiquent les cas probables et les cas possibles », affirme le docteur Ronnaux-Baron. Sont considérés comme « cas possibles » les personnes dont le test RT-PCR ou le test antigénique est revenu positif et qui ont été au Royaume-Uni ou en Afrique du Sud dans les 14 jours qui précèdent l’apparition des symptômes. Les « cas probables » sont divisés en 2 catégories :
- Les cas probables microbiologiques : lorsque le cas de COVID présente un défaut de détection pour un gène, le gène F.
- Les cas probables épidémiologiques : lorsque le cas de COVID a été contaminé par un cas confirmé du nouveau variant.
Une analyse via un séquençage
Dès qu’un cas possible ou probable est transmis à l’ARS, les investigations de contact tracing commencent. L’ARS Auvergne-Rhône-Alpes a mis en place une cellule spécifique à l’investigation des cas contacts du nouveau variant. « Cette cellule travaille de façon encore plus réactive autour de ces cas probables ou possibles, avant même que l’on ait le résultat définitif », précise Anne-Sophie Ronnaux-Baron. A chaque suspicion de variant, un séquençage du virus est réalisé au CNR. Il en existe deux en France, un à Paris et un à Lyon. Un séquençage dont le délai d’obtention des résultats est « en moyenne de 7 jours », selon le docteur Ronnaux-Baron. « C’est quand même assez long donc on ne peut pas attendre le résultat du séquençage pour attaquer les investigations ». Le rôle de l’ARS est également de s’assurer que les cas contacts respectent de manière stricte l’isolement de 7 jours et qu’ils réalisent un test RT-PCR.
Le test RT-PCR, un atout crucial
Le séquençage ne peut être effectué qu’à partir du test RT-PCR, c’est pourquoi il est le test de référence dans la lutte contre la propagation du variant. De plus, les cas probables microbiologiques ne sont pas identifiables par test antigénique. Pour rendre plus rapide l’obtention des résultats du séquençage, l’ARS envisage la possibilité de permettre à de nouveaux laboratoires de les réaliser. « On risque d’avoir une augmentation des cas suspects à séquencer, donc il faut qu’il y ait un déploiement des capacités de ce séquençage en France », détaille Anne-Sophie Ronnaux-Baron. « Nous sommes préoccupés par l’arrivée de ce nouveau variant. Je rappelle qu’en Angleterre le variant a presque remplacé intégralement le virus initial. On n’en est pas là mais on se donne les moyens pour assurer les investigations dans les meilleurs délais et casser les chaînes de transmission. »
Le vaccin a priori efficace sur le variant
A ce jour, l’ARS confirme que le vaccin est efficace sur ce nouveau variant. « C’est un élément qui nous incite à accélérer encore davantage le processus de vaccination. A ce jour, on a déployé des efforts considérable pour mettre en place cette campagne de vaccination, au sein d’abord des EHPAD et pour les professionnels de santé de plus de 50 ans et porteurs de facteurs de risque », rappelle le docteur Ronnaux-Baron. Au 12 janvier, 18 043 vaccinations ont été réalisées par l’ARS Auvergne-Rhône-Alpes. L’ARS précise qu’elle est en capacité « d’adapter ses ressources et ses moyens » si le nombre de cas porteurs du variant venait à augmenter.
