Lacs des Alpes : quand l'ADN permet de révéler la biodiversité des espèces en lac d'altitude

Ce sont des équipes suisse et nord-américaine qui ont exploré l'utilisation de l'ADN environnemental pour évaluer la biodiversité des rivières. Un seul prélèvement permet de détecter des milliers de génomes d'espèces. Le Parc de la Vanoise l'expérimente. Deux lacs ont été choisis cet été

Les équipes suisse et nord-américaine de Kristy Deiner et Florian Altermatt ont récemment publié dans Nature Communications des travaux pleins de promesses sur l'utilisation de l'ADN environnemental pour évaluer la biodiversité des rivières et bassins versants.

Cette méthode, dite du metabarcoding, peut en effet détecter par un seul prélèvement des milliers de génomes d'espèces présentes à l'amont du point de mesure. Une vraie révolution pour les diagnostics écologiques, dont une faiblesse connue est la difficulté d'acquérir des données de qualité sur les hydrosystèmes. 

Deux lacs tests cet été en Vanoise

"La recherche sur cette diversité se fait jusqu’à présent par des techniques d’inventaires classiques : prélèvements de spécimens, identification des espèces par des naturalistes spécialisés, etc. Ces techniques sont lourdes à mettre en place, elles mobilisent de nombreux spécialistes et les temps de collecte et d’analyses sont longs" indique le Parc sur son site.

Le Parc national de la Vanoise a donc expérimenté dès cet été une nouvelle méthode d’analyse via des prélèvements (eau, sédiments, etc.) soumis ensuite à un séquençage ADN en laboratoire avec confrontation aux bases de données internationales. 

Cette technique pourrait ainsi constituer à l’avenir une alternative à la recherche systématique de toutes les espèces présentes .Amphibiens, micro-organismes, poissons et mollusques. Ils sont nombreux à peupler les lacs d’altitude et la connaissance de cette biodiversité est essentielle pour le suivi scientifique de l’évolution de certains lacs. Elle peut également être une aide précieuse pour orienter la gestion de ces milieux par rapport à certaines pratiques comme l’alevinage par exemple.

Deux lacs de Vanoise ont été choisis pour cette expérimentation, le lac du Mont-Coua aux Allues en Tarentaise et le lac Noir du Carro à Bonneval-sur-Arc en Maurienne.

De premiers prélèvements ont été effectués et seront renouvelés en septembre. Aux commandes de ces opérations, des agents du Parc national et les équipes du laboratoire Antagène. Le laboratoire a par ailleurs développé pour ces prélèvements du matériel technique spécifique testé à cette occasion.

Les prélèvements sont effectués de la rive des lacs jusqu’à leur centre afin d’analyser par la suite la meilleure méthodologie d’échantillonnage et de filtration.

Le séquençage ADN se fera ensuite au laboratoire et les résultats seront certainement tributaires de la qualité et de la quantité de taxons référencés dans les bases de données internationales. Ce point précis reste l'une des interrogations majeures de cette démarche expérimentale.

Selon les résultats de cette première campagne de prélèvements et de séquençage, la méthode sera ajustée pour la seconde campagne de prélèvements prévue sur les mêmes lacs au cours de l’été 2022.

Le bilan final de cette expérimentation est attendu en fin d’année 2022. Si cette technique offre de bons résultats, elle pourrait par la suite être reproduite dans de véritables programmes de suivi et d’expertise sur les lacs d’altitude, comme Lacs sentinelles.