Coronavirus : Folding@Home, le projet de recherche dont vous êtes les héros

Le projet Folding@Home vous permet de mettre la puissance de calcul inutilisée de votre ordinateur au service de la recherche médicale. Ça vous paraît compliqué ? On vous explique.

Imaginez-vous devant un puzzle. Maintenant imaginez qu'il manque la moitié des pièces, qu'elles font la taille d'un atome et peuvent changer de forme et de place selon le moment où vous les regardez, et que vous n'avez pas de modèle. Enfin, imaginez que des personnes meurent à chaque minute où vous ne trouvez pas la solution, et vous aurez une idée du défi auquel sont confronté les scientifiques qui étudient le coronavirus.
 

 

Puzzle niveau légendaire

L'objet d'étude de ces scientifique est la protéine, un élément fondamental du vivant qui intervient aussi bien dans la digestion que dans la structure des cheveux. Chaque protéine est constituée d'une très longue chaîne de molécules appelées acides aminés. En se repliant sur elle-même, cette chaîne adopte une structure tridimensionnelle caractéristique et complexe qui définit sa fonction au sein de la cellule où elle se trouve : c'est notre pièce de puzzle. Pour comprendre l'origine de certaines maladies et les guérir, il faudrait donc réussir à rendre compte de tous les repliements possibles des protéines impliquées, une tâche de titan.

Le virus responsable du Covid-19 aussi possède des protéines, qu'il utilise pour survivre au système immunitaire, s'introduire dans les cellules du corps humain et se reproduire en très grand nombre. Le défi des chercheurs consiste à comprendre le fonctionnement de ces protéines afin d'élaborer un traitement capable de "bloquer" certains processus vitaux du coronavirus, comme la reproduction ou "l'abordage" des cellules humaines. C'est là que votre ordinateur intervient.
 
 

Ça ne fait pas un pli

Fondé en 2000 par un chercheur de l'université de Stanford, aux États-Unis, Folding@Home est un projet de recherche participatif qui s'appuie sur le calcul distribué. En d'autres termes, au lieu d'utiliser un seul très gros ordinateur, le projet utilise la puissance de calcul de plusieurs milliers d'ordinateurs en réseau, parmi lesquels des processeurs appartenant à des universités ou à des entreprises comme Google, mais aussi des ordinateurs personnels. En effet, jusqu'à 95% de la puissance de calcul des ordinateurs personnels reste en général inutilisée. Un potentiel inexploité qui peut être mis au service de la recherche, afin de simuler le maximum de possibilités de "repliement" possible pour une protéine donnée.

Utilisé pour toutes sortes de recherches médicales, notamment liées à des cancers ou aux maladies d'Alzheimer et de Parkinson, le projet Folding@Home a recentré depuis février une partie de ses efforts sur le coronavirus responsable du Covid-19. Le 25 mars dernier, grâce à une forte mobilisation, le projet a annoncé avoir dépassé la barre symbolique de l'exaFLOP. En d'autres termes, le système effectue (accrochez-vous) plus d'un milliard de milliard d'opérations à virgule flottante par seconde, l'unité de mesure de la puissance. Le 13 avril, la puissance atteint 2,4 exaFLOPS. Pour simplifier, c'est plus que la puissance cumulée des 500 superordinateur les plus puissants de la planète.
 

With our collective power, we are now at ~2.4 exaFLOPS (faster than the top 500 supercomputers combined)! We complement supercomputers like IBM Summit, which runs short calculations using 1000s of GPUs at once, by spreading longer calculations around the world in smaller chunks! pic.twitter.com/fdUaXOcdFJ

— Folding@home (@foldingathome) April 13, 2020

 

Et mon vieux Windows XP dans tout ça ?

Depuis le début de la crise, plusieurs universités françaises et européennes ont également mis leurs fermes de serveurs à contribution pour Folding@Home, comme le pôle Léonard de Vinci, en région parisienne. Mais si vous ne possédez ni superordinateur de la taille d'un immeuble ni une multinationale, ce qui peut arriver, vous pouvez tout de même associer votre vieux PC à cet effort de recherche mondial, tout en continuant à l'utiliser normalement. Il vous suffit de télécharger et d'installer le logiciel de Folding@Home, qui va ensuite tourner en arrière-plan sur votre machine, sans que ses performances changent. Le site de Folding@Home propose même une estimation du coût de votre consommation électrique en fonction du temps passé à calculer.

[Pour la France,] un calcul simple aboutit aux estimations suivantes : faire tourner FAH 24h/24 et 7 jour sur 7 vous coûtera un peu plus de 400 € par an, soit 33 € par mois. Si l'ordinateur ne tourne que 8h par jour, le coût descend à 135 € par an soit environ 11 € par mois. Enfin, si l'ordinateur ne fonctionne que le soir (3 heures par jour), ça coûtera 50 € environ, soit un peu plus de 4€ par mois.

Enfin, si vous n'avez pas d'ordinateur, il reste possible de simplement faire un don à Folding@Home.