Après s’être penché sur l'hôpital d'Ajaccio, la chambre régionale des comptes a étudié celui de Bastia. Dans la gestion de 2009 à 2015, elle met en cause plusieurs anomalies. La direction comme les syndicats contestent cette analyse et mettent en avant les surcoûts inhérents à l'insularité.
Heures supplémentaires, absentéisme du personnel non-médical, augmentation des effectifs, anomalies concernant les comptes… Sur plus de 180 pages, la cour régionale des comptes énumère les dysfonctionnements au Centre hospitalier de Bastia.
Le rapport précise que « depuis 2010, en dépit des deux dispositifs de redressement et malgré l’important soutien financier apporté par la tutelle (21,6 millions d’euros) d’aides en fonctionnement), le résultat comptable agrégé de l’établissement a été chaque année déficitaire. L’établissement se trouve dans une situation de déficit structurel qui tend à s’amplifier au fil des ans, celui-ci atteignant 16,1 millions d’euros en 2015. » Au total, c’est plus de 40 millions d’euros de dettes pour les cinq dernières années d’exercice.
Pour ce qui est des médecins, plusieurs auraient « développé une activité libérale au sein de l’établissement qui dépasse, en nombre d’actes, leur activité publique, en infraction avec la réglementation. »
