Jusqu'ici préfet du Doubs, il remplace Stéphane Bouillon, nommé en région PACA. Stéphane Fratacci aura notamment la délicate mission de mener la réforme territoriale qui marie l'Alsace, la Lorraine et la Champagne-Ardenne.
Le nouveau préfet a procédé à un dépôt de gerbe place de la République à Strasbourg, en présence d'hommes politiques alsaciens, comme Robert Herrmann, le président (PS) de Strasbourg Eurométropole, ou le député UMP André Schneider.
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