Le 19 mars 2012, Johnatan Sandler et ses deux enfants étaient abattus dans la fusillade au collège-lycée Ozar-Hatorah de Toulouse, les représentants de tous les cultes se sont recueillis pour celui qui agrandi à Bordeaux et tissé des liens forts avec la communauté juive bordelaise.
Johnatan Sandler enseignait chaque semaine le talmud (le livre sacré du judaïsme) à des étudiants bordelais de confession juive, la veille de sa mort il était encore à la synagogue de Bordeaux.