Poursuivi dans plusieurs affaires de marchés publics, Jean-Noël Guérini a demandé l'annulation d'actes de procédure, mettant en cause l'impartialité des juges dans leurs enquêtes. La cour d'appel d'Aix-en-Provence a renvoyé les débats à la demande d'un des avocats de l'élu.
Les deux avocats de Jean-Noël Guérini, Me Dominique Mattei et Hervé Témime, mettent en exergue "le défaut d'impartialité et de neutralité des juges d'instruction", également soupçonnés d'un "manque de loyauté" dans le cadre d'une enquête au cours de laquelle Jean-Noël Guérini a été mis en examen, le 8 septembre 2011, pour complicité d'obstacle à la manifestation de la vérité, prise illégale d'intérêt, trafic d'influence et association de malfaiteurs. Les avocats du président du Conseil général évoquent notamment un interrogatoire de février 2014 au cours duquel le ton était monté entre d'une part les juges Charles Duchaine et Pierre Philipon et d'autre part Jean-Noël Guérini.
J'observe, cher Monsieur le juge que loin d'instruire à charge et à décharge, vous m'avez posé des questions très longues et que vous me jugez déjà, ce qui n'est pas votre rôle
Avait déclaré Jean-Noël Guérini, alors qu'il était interrogé sur des écoutes téléphoniques le mettant en cause. Le parquet général de la cour d'appel d'Aix-en-Provence a jugé pour sa part la procédure régulière et loyale. Aujourd'hui la chambre d'instruction de la cour d'appel d'Aix-en-Provence devait étudier le recours des avocats du Président du Conseil Général des Bouches-du-Rhône . A la demande d'un des avocats de l'élu la cour d'appel a décidé de renvoyer les débats à une date ultérieure
Candidat à sa succession à la tête du Conseil général des Bouches du Rhône, Jean-Noël Guérini conduit, pour les départementales des 22 et 29 mars, sa propre liste, la Force du 13. Il a été relaxé en décembre dans une affaire de licenciement présumé abusif d'un de ses anciens collaborateurs, Jean-David Ciot, actuel patron du PS des Bouches-du-Rhône mais le parquet a fait appel. Jean-Noël Guérini reste mis en examen, notamment pour trafic d'influence et association de malfaiteurs, dans plusieurs dossiers de marchés publics présumés frauduleux, tout comme son frère Alexandre, soupçonné d'accointances avec le milieu.
