Alors que le virus Delta se fait de plus en plus présent dans les Alpes, comme sur une bonne partie du territoire, le fameux "séquençage" doit s'accélérer. Le CHU de Grenoble, depuis mai, est l'un des deux hôpitaux équipés d'une nouvelle machine qui raccourcit les délais. Voici comment ça marche.
Le laboratoire de virologie du CHU Grenoble Alpes reçoit d'abord des tests PCR qu'il doit rendre "non contagieux", avant de pouvoir les analyser.
Seule solution, "les plonger dans un bain sec à 66 degrés pour inactiver le virus et le rendre plus facilement derrière, et sans danger de contamination pour les techniciens, et il faut attendre 15 minutes "explique Solène Robert, technicienne du laboratoire.
Etape suivante : extraire le matériel génétique, avant l'étape finale du fameux "séquençage". C'est une machine qui depuis le mois de mai s'en charge. Elle lit le code génétique du virus, afin de déterminer le ou les variants présents dans les échantillons.
"On suit les indications qu'elle nous donne, afin de mettre les bons réactifs au bon endroit, une fois que c'est fait, on ferme, on la lance, et en 17h 30, au pire en 24 heures, tous les échantillons seront séquencés".
Un temps record ! Difficile pour le néophyte de réaliser le progrés que cela représente. Sans cet outil, le "séquençage" prendrait au bas mot près de trois jours.
Seuls deux établissements en France disposent de ce nouveau modèle : "cette machine nous permet de travailler avec des techniciens qui été formés rapidement. Ils travaillent sur des petits nombres d'échatillons, avec un rendu de résultats rapide" commente Le Dr Sylvie Larrat, Chef du laboratoire de virologie du CHU.
Une grosse plateforme de séquençage est active en ce moment aux Hospices Civils de Lyon, qui est capable de faire des gros volumes d'analyses.
"Ce n'est le choix qu'on a fait ici "poursuit le Dr Larrat " il s'agit pour nous de permettre d'avoir des résultats de variants rapidement et pour le coup d'informer le plus vite possible les autorités sanitaires, qui vont pouvoir intervenir dans des temps plus courts".
Les résultats sont directements communiqués à l'Agence Régionale de Santé, afin de remonter les chaînes de contamination. Un délai plus court et précieux quand il faut mener des opérations de dépistage ciblées, à l'apparition d'un cluster.
Le variant Delta du Covid 19 inquiète en effet les autorités. Plus transmissible, il pourrait devenir le variant dominant. Il est donc activement surveillé : en Auvergne-Rhône-Alpes, la mutation est détectée dans environ 20% des tests PCR criblés, une valeur légèrement supérieure à la moyenne nationale qui s’élève à 10% environ. Deux départements sont particulièrement sous surveillance : l’Isère et la Haute-Savoie.
