La hausse des cas positifs de Covid se généralise en France et en Auvergne, en septembre. Parallèlement, un nouveau variant Omicron, le BA 2.86, est sous haute surveillance. Si les deux phénomènes ne sont pas liés, ils sont à surveiller.
En Auvergne, on constate une hausse des cas positifs de Covid, début septembre. Dans les laboratoires Innovi-GenBio de Clermont-Ferrand, on teste moins qu’il y a un an, mais le taux de positivité augmente : “Au niveau des tests, on a une population qui vient suite à une prescription médicale, ou alors quand il y a des symptômes avérés. On a une activité très faible en tests, comparé à il y a un an. On teste 10 fois moins qu'il y a un an”, explique le docteur Thomas Duret, directeur des laboratoires. Cela représente environ 100 tests, sur l'ensemble des laboratoires du groupe, chaque jour. “On était à environ 1 000 tests par jour début septembre 2022”, précise le docteur Duret. Il constate une augmentation “très significative” du nombre de cas positifs : “On voit une augmentation depuis début août sur la positivité. En ce moment, on est à quasiment à 40% de tests positifs par jour.”
Pas de hausse significative du nombre d'hospitalisations
Au CHU de Clermont-Ferrand, le professeur Ousmane Traoré, docteur en biologie médicale, constate une augmentation du nombre de cas diagnostiqués, sans pour autant que cela ne conduise à une hausse significative des hospitalisations. "Ce sont des gens qui passent aux urgences pour des symptômes qui évoquent le COVID et effectivement, le diagnostic est confirmé. La plupart du temps, ce sont des gens qui rentrent chez eux parce qu'ils n'ont pas de signes de gravité qui nécessitent une hospitalisation. On a quelques cas, qui avaient quasiment disparu, chez le personnel. C'est juste le reflet d’une circulation plus intense dans la population générale. On a également des patients qui viennent pour autre chose et pour lesquels on découvre, au cours de leur hospitalisation, qu’en fait, ils sont aussi porteurs du COVID.” Au mois de juillet, le CHU de Clermont-Ferrand enregistrait 4% des prélèvements positifs. Lundi 4 septembre, ce chiffre est monté à 17%. Cependant, un indicateur préoccupe Thomas Bénet, médecin épidémiologiste à Santé Publique France Auvergne-Rhône-Alpes : ces contaminations concernent particulièrement les personnes âgées de plus de 65 ans, plus susceptibles de développer des formes graves.
Le variant "Pirola" recherché
Le docteur Duret a été avisé des préoccupations autour du variant BA 2.86, dit “Pirola” : “On a eu une information de Santé Publique France concernant la détection du premier cas en France du BA 2.86 par séquençage dans le Grand-Est. On a des informations de veille sanitaire régulières par Santé Publique France, pour nous informer de l'apparition de nouveaux cas ou de la proportion de variants dans les séquences. Mais on n'a pas de consigne particulière pour le détecter.” En effet, les variants ne sont plus analysés par chaque laboratoire, explique le Docteur Duret : “On fait le PCR de criblage, mais les mutations ont changé par rapport au kit de réactifs de criblage. Il y a une recherche sur les variants, mais cela ne se fait plus qu'au niveau national dans les centres nationaux de référence, sur un échantillonnage qu'on envoie une fois par semaine. Tous les labos de France envoient, une fois par semaine, un échantillonnage de positifs.”
Une trentaine de mutations
Pour comprendre à quel variant on a affaire, il faut séquencer les virus, explique le professeur Traoré : “On a reçu des nouvelles consignes des laboratoires pour envoyer des séquences, pour qu'elles soient analysées. Cela permet de voir justement si de nouveaux variants émergent, si des variants qui sont sous surveillance se diffusent dans la population. Le dispositif est plus actif au niveau national qu’il ne l'était ces derniers mois.” Le docteur Duret précise que “ce variant est en cours d'évaluation au niveau de l'OMS, il n’est pas caractérisé pour l’instant. La chose qu'on sait et qui met un petit peu en alerte, c'est qu'il y a une trentaine de mutations dans sa séquence. Il faut faire des études complémentaires pour voir s'il y a un impact sur la contagiosité, l'échappement immunitaire et potentiellement la virulence. Mais, dans les conclusions aujourd'hui, il est plus probable qu'il n'y ait pas de d'augmentation des formes sévères. Il faudra quand même être vigilant pour les personnes vulnérables qui pourraient se recontaminer avec ce variant. On ignore si les vaccins sont sensibles à cette souche, comme elle a plusieurs mutations et un profil génétique différent, ça n'a pas été encore évalué.”
La question de la protection
Le professeur Traoré se veut, lui aussi, rassurant : “Il n'y a pas de variant préoccupant en ce moment. Il y a quelques variants surveillés par l'OMS, mais pour l'instant, ils ne circulent pas encore vraiment en France et ils restent à l'état très sporadique. L’OMS les surveille plus attentivement parce que ce sont des variants qui ont de grandes différences génétiques, moléculaires, avec les souches actuelles. S'ils émergeaient, se poserait la question de la protection. On est tous vaccinés ou on a tous eu le Covid, donc on a une certaine protection. Mais est-ce que cette protection serait encore efficace s'il y avait un nouveau variant avec de très grandes différences génétiques ? "
Un variant surveillé mais pas "préoccupant"
Malgré ces questionnements, un pic de contamination lié à un énième sous-variant lui paraît peu probable. Le professeur Traoré a une autre hypothèse : “Je pense que c’est lié à l’été et au brassage estival des populations. Depuis 2020, fin août, début septembre, on a une recrudescence de l’épidémie, depuis 4 ans. Les gens se déplacent, il y a de grands rassemblements. Certes, on est plus dehors, mais il y a quand même de grands rassemblements de population, les familles se mélangent... Selon moi, il faut plus chercher l'origine de la remontée actuelle dans ces brassages de population.” En effet, selon le docteur Bénet, il y a peu de chances que ce variant ne provoque une vague de contamination : "Le sous-variant dont on parle n'est pas le facteur qui explique l'augmentation actuelle parce qu'il est vraiment sporadique. L’inquiétude qui a été soulevée par les virologues est basée sur le profil de mutation de la souche. Pour l'instant on ne sait pas du tout si la souche va s'installer. On n'est pas dans la situation d'autres variants, qui avaient été vraiment définis comme variants préoccupants, où on a assez rapidement vu qu'ils ont pris le dessus sur les autres et ont induit une vague épidémique.”
Une investigation systématique
Mais alors, pourquoi Pirola est-il si surveillé ? Thomas Bénet explique : “Il est sous surveillance a cause du fait qu’il a beaucoup de mutations, il peut y avoir un risque d'échappement vaccinal, si le système immunitaire ne reconnaît pas la souche de la même manière. C'est ce qu'on avait vu par exemple avec Omicron où les personnes préalablement affectées, même peu de temps avant, avaient été réinfectées. D’autre part, le vaccin était moins efficace. Pour l'instant, on n'a pas d'indication que la nouvelle souche se diffuse et il n’y a pas de pays où elle a été responsable d'un grand nombre de contamination”. Pirola fait l’objet d’une investigation systématique pour préciser les signes, la sévérité et poser des questions au patient sur le statut vaccinal. “Il n’y a pour l'instant pas de modification des mesures édictées par le ministère. C'est essentiellement la protection des personnes à risque, âgées ou immunodéprimées, qui ne sont pas protégées par les vaccins. Pour elles, ça va être le port du masque lors des rassemblements, mais aussi, lorsqu'on rencontre ces personnes, de porter le masque. On évite les rencontres si on est symptomatique”, indique le docteur Bénet. Les recommandations restent inchangées.
