Une dizaine de truites mortes, de nombreux poissons atteints de tâches blanches assez semblables à celles dont avaient été victimes les truites de la Loue en 2010 ont été repérées par un riverain du Dessoubre au lieu dit Moulin Girardot.
Des poissons malades en période de fraie, ce n'est pas étonnant. Les truites sont fatiguées par cette période de reproduction, elles se frottent contre les pierres au fond de la rivière, d'où parfois l'apparition de maladies sur leurs écailles. Mais là, selon Stéphane Regazzoni, observateur régulier du Dessoubre, ce n'est pas normal. Dimanche, il a récupéré une truite morte mais aujourd'hui elles étaient une quinzaine. D'autres poissons sont malades à cet endroit situé à quelques kilomètres de la source entre Laval-le-prieuré et Plaimbois du Miroir. Dans ce secteur, le Dessoubre, à la station de Saint-Hippolyte 1, est en bon état écologique selon les données de l'Agence de l'eau collectées en 2011. La présence des invertébrés et des microalgues est même classée comme très bon. Effectivement, le Dessoubre est une rivière encore appréciée par les pêcheurs à la mouche.
Jusqu'à présent le Dessoubre a été épargné par ce type de mortalité. Seule la Loue puis le Doubs franco-Suisse et la Bienne ont été touchés par ces inquiétantes mortalités. Des événements relatés par le Blog de la Loue et des rivières comtoises. Ces mortalités ont été le départ d'une prise de conscience. Le Collectif Loue et rivières comtoises s'est créé, les élus du département et les services de l'état, poussés par les défenseurs de l'environnement ont mis en place des mesures pour améliorer la qualité de l'eau.
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