En 1651 le clocher fut détruit par un incendie accidentel déclenché par un feu d'artifice tiré du sommet.
En 1716 le nouveau clocher de 60 m (diminué de 19 m) et de 5 étages fut construit en pierre ocres avec 209 marches, clocher à dôme à impériale et campanile.
En 1738 le clocher fut équipé d'un carillon de onze cloches dont la plus grosse cloche du Jura de plus de quatre tonnes.
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L'exceptionnel carillon de l'église d'Arbois