Alain Perrin a été recruté en 1993 par l’Estac en tant qu’entraîneur. Le club évoluait alors en National 2. Il réussira à ramener le club troyen au niveau professionnel en moins de trois saisons. De 1999 à 2002, l’Estac évoluera en première division sous sa direction sportive.
Il quitte le club en 2002, afin de relever un défi encore plus ambitieux. Il entraînera l’Olympique de Marseille entre 2002 et 2004, puis signera en juin 2010 un contrat de deux ans avec le club qatari d'Al-Khor où il succèdera à un autre entraîneur français, Bertrand Marchand. Au terme de ses deux années de contrat, il est nommé à la tête de la sélection olympique qatarie de football.
Le 26 février 2014, il est nommé sélectionneur de l'équipe nationale chinoise de football. Il en sera limogé le 8 janvier 2016.
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