COVID-19 : Une nouvelle augmentation des contaminations révélée par les eaux usées

Les eaux usées sont un outil pour les scientifiques pour surveiller les virus et en particulier le SARS-CoV-2. Avec l’automne, il fait son retour et les contaminations sont croissantes. La Métropole du Grand Nancy annonce l’ouverture de deux centres de vaccination pendant trois jours.

Pas de doute, la covid fait son retour cet automne. Ce sont les chiffres qui le disent. Ceux du SARS-CoV-2, dans les eaux usées, surveillées par le laboratoire d’hydrologie de l’Anses. C’est le projet Sum’eau (surveillance microbiologique des eaux usées), qui permet cette surveillance depuis .le début de l'année 2023. Auparavant, l’Observatoire épidémiologique des eaux usées (OBEPINE), un regroupement d’équipes de recherche, effectuait cette surveillance.

Les données sont publiées sur data.gouv.fr. Elles permettent d’estimer la tendance de circulation du virus SARS-CoV-2 dans les eaux usées au sein de douze collectivités : Dijon, Grenoble, Lille, Marseille, Nancy, Orléans, Paris, Pau, Rennes, Rouen, Toulouse. Nous avons utilisé ces données sous formes de courbes. Nous avons choisi de prendre les données nationales et celles de Maxéville, près de Nancy sur la période de janvier à novembre 2023.

Le projet Sum’eau a hérité du transfert de compétences du "réseau Obépine", qui, pendant la pandémie de Covid-19, avait lancé un programme de surveillance du virus dans les eaux usées de plus de 130 stations d’épuration en France. Christophe Gantzer, Virologue, professeur à l'Université de Lorraine et directeur du LCPME, est membre fondateur de ce réseau de scientifiques. 

Depuis juillet, le virus est sur une dynamique positive.

Christophe Gantzer, Virologue, professeur à l'Université de Lorraine et directeur du LCPME

Même si le réseau Obépine a officiellement cessé sa mission de surveillance, les scientifiques observent quand même les eaux usées. "À Nancy, on est passé de deux prélèvements par semaine, pendant la pandémie, à un seul actuellement. On fait essentiellement de la recherche désormais et non plus  de la surveillance."

Les chercheurs ont des courbes, qu'ils ne peuvent plus communiquer. Pour Nancy, elle est sensiblement la même que celle de l’Anses : "sur notre courbe, du 26 octobre, on voit bien une augmentation depuis juillet dernier sur Nancy." Il est difficile de l’interpréter, en terme de nombre de personnes infectées, d'après Christophe Gantzer : "Notre indicateur va de zéro à deux cents. Lors du premier pic en 2020, on était à 125. En janvier 2022, on avait un pic à 150. Actuellement, sur la station de Nancy, on est à 100. Ce que l’on ne sait pas, avec les nouveaux variants, c’est la quantité de virus excrétée et la durée d’excrétion. Donc, on ne peut pas pas réellement comparer les périodes . On peut juste dire, que depuis juillet le virus est sur une dynamique positive."

Obépine, à l’avant-garde de la recherche

Les chercheurs travaillent sur une dizaine de stations en France pour détecter les variants. "Quand un nouveau variant est détecté, on regarde si ce variant tend à augmenter et à remplacer le précédent ou pas." Ils travaillent aussi à développer des modèles mathématiques. Leur mission désormais, c’est la recherche.

Obépine se prépare au suivi du prochain virus pandémique dans les eaux usées.

Christophe Gantzer, Virologue, professeur à l'Université de Lorraine et directeur du LCPME

Les scientifiques du réseau Obépine se concentrent donc sur des travaux de recherche. "Obépine se prépare au suivi du prochain virus pandémique dans les eaux usées. On met en place les protocoles et les procédures, qui nous ont manqué, quand le virus de la covid-19 est apparu",indique Christophe Gantzer.

Le travail de recherche est élargi à d’autres aspects, comme la détection des gènes de résistance aux antibiotiques ou celle de parasites. "Au Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement (LCPME), on travaille sur les gènes de résistance aux antibiotiques dans l’environnement."
Les eaux usées sont un moyen très intéressant pour détecter certains virus, bactéries ou parasites. Elles permettent de voir l’émergence ou le retour de virus, parfois avant que les patients ne se manifestent.
"Au Royaume-Uni, l’année dernière, les chercheurs ont trouvé du génome de la souche vaccinale du virus de la poliomyélite dans les eaux usées montrant une circulation du virus alors qu'il devrait être éradiqué dans les pays occidentaux grâce au vaccin inactivé.

D’ailleurs, les eaux usées étaient un outil pour savoir si les pays étaient exempts de poliomyélite. Quand il n’y a plus de trace du virus dans les eaux usées, cela suppose que le virus ne circule plus dans la population.
Il y a des zones en France, là où il y a une forte présence d’abattoirs de porcs, où on recherche le virus de l’hépatite E. C’est un virus qui peut se transmettre du porc à l’Homme. Les virus de la grippe ou le monkeypox sont aussi des  virus que l’on peut détecter dans les eaux usées", explique Christophe Gantzer. 

La Métropole du Grand Nancy rouvre des centres de vaccination

Face à la hausse des cas de Covid-19, La métropole du Grand Nancy, avec le CHRU de Nancy, la Communauté professionnelle de territoire de santé du Grand Nancy (CPTS) et l’Agence régionale de santé (ARS) ouvre deux centres de vaccination temporaires, contre la Covid-19 et la grippe, les 3, 4 et 5 novembre à Nancy et le 15 novembre à Essey-lès-Nancy.

Ces centres sont accessibles à toutes celles et ceux éligibles à la vaccination, sans inscription préalable et gratuitement.