Nancy : le virus de la covid-19 dans les eaux usées, la preuve par les courbes avec le Réseau Obepine

Les eaux usées de près de 150 stations d’épuration en France, dont celles de Nancy, Reims et Strasbourg sont surveillées de près par le réseau OBEPINE (OBservatoire ÉPIdémiologique daNs les Eaux usées). La concentration de génome de virus est un indicateur fiable de la situation.

Les données et les courbes sont disponibles depuis quelques jours pour plusieurs villes dont Nancy.  Vous pouvez les trouver ici sur le site du Réseau OBEPINE.

Depuis avril 2020, des chercheurs travaillent à la détection du virus dans les eaux usées. Ils ont montré à Paris ou à Nancy par exemple que le virus était détectable dans les eaux usées de la ville bien avant la vague d’hospitalisation. 

Les eaux usées sont un indicateur fiable de la circulation du SARS-CoV-2. Il fallait donc imaginer un outil qui permettrait de suivre la situation en temps réel depuis les stations d’épuration. Et c’est l’objectif du Réseau OBEPINE  (OBservatoire ÉPIdémiologique daNs les Eaux usées), soutenu par le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation et qui regroupe plusieurs laboratoires sur tout le territoire. 
À Nancy, le laboratoire de chimie physique et microbiologique pour les matériaux et l’environnement (LCPME) fait partie de ce réseau. Il en est même un des membres fondateurs.

En une seule analyse, on peut avoir un indicateur en temps réel sur une population donnée.

Christophe GANTZER, Directeur du Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les matériaux et l’Environnement (LCPME), CNRS-Université de Lorraine

Christophe Gantzer est virologue et directeur du laboratoire LCPME de Nancy. Pour lui, depuis bientôt un an que ces laboratoires travaillent ensemble, il est clair que cet outil est fiable. Il a fait ses preuves scientifiquement.
"On a démontré que cet indicateur fonctionnait bien. On peut avoir, en une seule analyse, un indicateur en temps réel sur une population donnée, une agglomération par exemple. Dans la dynamique de circulation du virus cela a un vrai sens." Pour avoir l’équivalent, il faudrait faire un test PCR à toute une ville. Il faut, évidemment, aussi prendre en compte les autres indicateurs épidémiologiques. 

Virus dans les selles

La covid-19 est une maladie respiratoire. Le virus peut être trouvé dans le nez ou la gorge des individus, mais il est aussi présent dans les selles. Parfois, les personnes infectées sont porteuses du virus, avant que les premiers symptômes ne se développent. On en retrouve la trace dans les eaux usées. Le laboratoire de Nancy fait deux prélèvements par semaine à la station d’épuration de Maxéville. Ensuite ces prélèvements sont analysés. Il faut 48 h pour les résultats. 
Pour Christophe Gantzer : "La concentration que l’on trouve dans les eaux usées est directement proportionnelle au nombre de personnes qui sont infectées même si on ne peut pas déduire directement le nombre de malades. En un seul prélèvement, on sait globalement ce qu’il se passe dans une population donnée."

Comme il est indiqué sur le site internet du Réseau Obepine, qui prend un exemple en Ile-de-France : "Un des résultats phare qui permet de bien mettre en évidence l’aspect quantitatif et pas seulement qualitatif de ces analyses est la carte qui montre sur un même graphique les évolutions du nombre de malades (à différents stades) et celui de la concentration en virus dans les eaux usées sur la région Ile-de-France".

Des critères très précis

Les 150 stations n’ont pas été choisies au hasard. Des mathématiciens de Sorbonne Université ont déterminé les villes qu’il fallait prélever pour que les résultats puissent traduire la circulation du virus dans la population française. Ces villes répondaient à plus d'une dizaine de critères très précis. Dans la région Grand Est, on compte plus d'une vingtaine de stations dont Reims, Nancy, Strasbourg. Mais il peut y avoir des stations d’épuration qui peuvent paraître plus petites et qui sont surveillées pour différentes raisons. 

C’est un marqueur extrêmement intéressant, qui permet lorsque le virus circule à bas niveau, d’anticiper la remontée.

Christophe Gantzer, Directeur Laboratoire LCPME, CNRS-Université de Lorraine

Le virus dans les eaux usées a jusqu’ici montré plusieurs choses. "Globalement, on a vu sur la courbe de l'agglomération nancéienne les effets du premier confinement. On a vu la baisse. Ensuite, le virus était en dessous du seuil de détection en juin et une partie de juillet. À partir de juillet, on a vu une augmentation de la concentration en virus dans les eaux usées. Pour arriver globalement à une concentration qui a été maximale aux alentours du 1er novembre. Ensuite petite diminution, puis petite augmentation jusqu’au 1er décembre. Début décembre, c’était plutôt stable. La tendance actuelle est à une petite augmentation. Nous sommes dans une semaine charnière où nous commencerons à voir les effets de Noël et Nouvel An. Je n’ai pas encore les résultats. Ce sera dans quelques jours".

Traquer le variant anglais ?

L’outil développé par le Réseau Obepine peut-il permettre de traquer le variant anglais ?
"On peut pressentir que pour l’instant le variant n’est pas la souche majoritaire dans une population comme Nancy". Pour Christophe Gantzer, la méthode utilisée actuellement par le Réseau Obepine ne permet pas encore de quantifier séparément le variant anglais du  SARS-CoV- 2 des autres.
"Le variant est modifié sur une partie du génome. Quand nous faisons une quantification du virus, nous allons chercher trois endroits différents du génome. Comme le variant n’est modifié que sur une partie du génome que l’on cherche, on le détecte quand même. Sur les trois cibles que l’on recherche, il y a une des cibles pour laquelle on ne va pas détecter le variant. Par contre sur les deux autres, on va le détecter. Mais il est vrai qu’il serait intéressant d’aller chercher spécifiquement le variant". Les scientifiques du Réseau Obepine travaillent à une méthode pour quantifier spécifiquement ce variant apparu en Angleterre.