Covid-19 : ces variants qui pourraient nous gâcher l’été

Alors que la vaccination avance à grand pas en Europe, les variants du virus du Covid-19 pourraient compliquer et peut-être même remettre en question le déconfinement dans certains pays. Le point avec le Pr Philippe Froguel, généticien à l'université de Lille.

Le nombre des variants du Covid-19 se multiplient.
Le nombre des variants du Covid-19 se multiplient. © Zuma Press / Maxppp

C’est une nouvelle parmi d’autres qui nous le rappelle : nous n’en avons pas encore fini avec l’épidémie de Covid 19. La semaine dernière, à Bordeaux, après l’apparition d’un cluster inquiétant dans le quartier du Bataclan, les autorités sanitaires ont lancé une large opération de dépistage et offert à tous ses habitants, la possibilité de se faire vacciner, quel que soit leur âge. Les infectés, la plupart asymptomatiques, étaient atteints d’un variant classé "préoccupant". 

Un virus peu étudié

En France, aujourd’hui, si le variant anglais oscille, selon les régions, entre 70 à 85 % des contaminations, les 15 à 30 % restants correspondent à "des variants qui sont apparus récemment, à côté du Brésilien, du Sud-Africain et de l’Indien", détaille Philippe Froguel, généticien, professeur à l’université de Lille 2.

Des variants dont le nombre a tendance à augmenter ces dernières semaines. "Les virus ARN mutent, c’est classique. C’est parce qu’ils sont plus fragiles que les virus à ADN (comme la varicelle ndlr), explique Philippe Froguel. Dans l’ADN, il existe une espèce de machinerie qui protège le virus des mutations et des risques d’erreurs en se reproduisant. Les coronavirus, eux, ont été peu étudiés : l’affirmation qu’ils varieraient peu, comme on l’a entendu au début de cette pandémie, est fausse."

Une mutation commune à tous les variants du Covid

Le variant anglais modifié est l’un des derniers avatars de cette histoire biologique. "Sur sa protéine Spike, explique le professeur, la mutation E384 est présente : c’est la même que l’on retrouve dans le variant brésilien ou le sud-africain, une mutation synonyme d’échappement immunitaire". Autrement dit, résistant au vaccin. D’où la réaction des autorités.

Un variant qui a déjà été repéré dans la région parisienne et dans les Hauts-de-France, il y a plusieurs semaines maintenant. Chaque enquête flash hebdomadaire basée sur 400 échantillons de personnes contaminées, réalisée par le cabinet du Dr Froguel, démontre sa présence à hauteur de 3 % dans la région.

L'inquiétant variant indien

Mais la situation des variants en France reste mal connue. "Le problème, c’est qu’en France, on ne séquence toujours pas assez. Or pour détecter les variants indien ou anglais modifiés, il faut un séquençage total du variant, ce qui est rarement le cas. Par ailleurs, la PCR est incapable de distinguer un variant indien d’un variant sud-africain. Aujourd’hui, en France, on nage dans le brouillard."

Ce n’est pas le cas en Grande-Bretagne et pourtant …Les moyens de séquençage sont sans commune mesure. Depuis fin avril, les autorités scrutent avec inquiétude la progression du variant indien. Un variant 50 % plus contagieux que le variant britannique : les cas de contamination triplent chaque semaine. Un variant qui se développe essentiellement dans quelques villes comme Bolton, près de Manchester, où l’incidence est repassée au dessus des 400 cas pour 100000 habitants ce week-end, et qui circule beaucoup parmi les plus jeunes, dans les collèges et les lycées. Or beaucoup d’Anglais n’ont reçu par ailleurs qu’une seule dose de vaccin. Elle ne protégeait les patients qu’à hauteur de 33 % contre le variant indien selon les autorités. Une course contre la montre a donc débutée.

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