Classé en natura 2000, l'étang de l'Or fait aussi partie des sites RAMSAR, zones humides reconnues d'importance internationale, particulièrement en ce qui concerne l'habitats des oiseaux d'eau. Un vrai paradoxe car la lagune est très polluée malgré les efforts des hommes qui sont mis à son chevet.
Chaque année, des milliers d'oiseaux viennent se reproduire sur certaines parties de l'étang de l'Or, notamment celles qui le Conservatoire du Littoral a racheté dans les années 80.
Certaines espèces protégées, comme la sterne Hansel, se reproduisent uniquement sur ce site au printemps. Ces oiseaux sont couvés du regard par les gardes du littoral. Chargés de la gestion des espaces naturels par l'agglo du pays de l'Or, ces techniciens ajustent même les niveaux de l'eau pour le bien-être des futurs parents.
L'étang de l'Or abrite aussi une importante population de tortue cistude, ce qui lui vaut, entre autre, d'être classé natura 2000. Cette petite tortue des marais fait l'objet d'un suivi et d'un marquage depuis plusieurs années.
Cette diversité naturelle est favorisée par l'eau saumâtre de la lagune, mélange d'eau douce et d'eau de mer. Un équilibre menacé par le sel, toujours plus présent au fil des ans.
Mais la lagune souffre aussi et surtout de la pollution : de nombreux cours d'eau s'y déversent, charriant les rejets du bassin versant : soit 32 communes où vivent jusqu'à 250 000 habitants en été. Et l'agriculture n'est pas en reste.
Néanmoins, de gros efforts ont été réalisés au niveau de la rénovation des stations d'épuration, qui devraient être toutes aux normes d'ici quatre à cinq ans. Pour autant, l'étang de l'Or reste bien malade, car si on stoppait toute source de pollution dès aujourd'hui, il faudrait encore de longues décennies pour parvenir à évacuer l'ensemble des éléments nocifs enfouis dans la vase.
