Avant les hospitalisations, l'évolution de l'épidémie est d'abord visible dans les eaux usées

L'objectif du réseau Obépine, qui réunit divers organismes de recherche, est de détecter les traces du génôme viral du Covid-19 dans les eaux usées. De nos toilettes aux stations d'épuration, ce réseau suit l'évolution de la maladie, avec l'objectif d'anticiper les rebonds de l'épidémie.

Un laboratoire travaillant notamment sur la détection du virus SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Nancy, le 2 octobre 2020.
Un laboratoire travaillant notamment sur la détection du virus SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Nancy, le 2 octobre 2020. © Cédric Jacquot / L'Est Républicain / Maxppp

Anticiper l'arrivée ou le développement du virus du Covid-19, en détectant la charge virale contenue dans l'eau des égouts, c'est l'objectif du réseau Obépine. Obépine, pour Observatoire épidémiologique des eaux usées. Ce réseau, né au mois d'avril dernier, d'abord dans la région parisienne, rassemble plusieurs organismes de recherche, avec une mission : la mise en place d'un système d'alerte précoce, pour anticiper l'évolution de la maladie.
 

Un très bon indicateur de circulation du virus


Ces laboratoires de recherche ont mis en évidence que les eaux usées sont un très bon indicateur de circulation du virus. Ainsi dès le début de mois de mars, avant même la vague d'hospitalisations à Paris, le génome viral du sars-cov-2 était présent dans les égouts d'Ile-de-France et annonçait l'épidémie.
 

 

"On voit la vague arriver de loin, comme avec des jumelles"


"Le virus, qui n'attaque pas que les voies aériennes mais aussi la partie entérique, passe en effet dans les selles des personnes positives au Covid-19, avant même qu'elles ne déclarent la maladie, qu'elles soient symptomatiques et asymptomatiques. Plus de la moitié des personnes infectées excrètent le virus par les selles avant même les premiers signes cliniques", indique ainsi Yvon Maday, professeur de mathémathiques appliquées à Sorbonne-Université Paris-Roscoff, et participant au réseau Obépine.

D'où l'intérêt de la méthode, car l'augmentation de la concentration de la charge virale dans les eaux usées, précèdent les hospitalisations. "La sensibilité est importante et on voit la vague arriver de loin, comme avec des jumelles" poursuit le chercheur breton "il y a un effet d'alarme intéressant à cet indicateur".

Ces données permettent de qualifier les traces de génome viral mais aussi de les quantifier. Il est ainsi possible de mesurer la quantité de génomes par litre. "Mais pour la relier à un nombre de malades, c'est plus compliqué", note Yvon Maday. Les chercheurs sont en train d'y travailler et "La connaissance est en train de se faire".
 

Analyse d'échantillons issus des stations d'épuration


À partir de neuf laboratoires conventionnés, le réseau Obépine centralise et analyse des échantillons, en provenance de plus en plus de stations d'épuration. Des données qui permettent de surveiller la dynamique du virus sur tout le territoire français et de pouvoir en tirer des prévisions sur sa circulation. 

Les prélèvements réalisés sur 24h, deux fois par semaine sont analysés et les résultats obtenus sous deux à trois jours sont transmis aux collectivités. Les échantillons, qui provenaient d'une trentaine de stations d'épuration "sentinelles" au départ, sont au nombre de 158 désormais, dont sept en Bretagne, comme à Rennes, Saint-Malo, Lorient ou Quimper.

De plus en plus de communes, et de stations d'épuration participent au programme, partout en France. Ces analyses pourraient être des données essentielles pour la prise de décision des pouvoirs publics. Faut-il reconfiner, instaurer un couvre-feu dans telle ville ou dans telle autre ? En suivant au plus près l'évolution de l'épidémie et la dynamique de l'infection.
 

Poursuivre votre lecture sur ces sujets
coronavirus/covid-19 santé société recherche sciences