Covid-19 : "la vaccination en quantité c’est bien, mais pas en qualité", les 5 choses à savoir sur les nouveaux variants

Variant Mu en Colombie, variant C.1.2 en Afrique, faut-il s’inquiéter de l’apparition de nouveaux variants ? Comment se préparer à leur arrivée ? L’épidémiologiste Philippe Amouyel et le généticien Philippe Froguel nous livrent leurs réflexions.

Quelles sont les caractéristiques du variant Mu ? Est-il dangereux ?

Philippe Amouyel : Ce qu’il faut savoir, c’est qu’il y a tous les jours de nouveaux variants. Aujourd’hui, on réalise des séquençages dans chaque pays. Les résultats sont reportés dans une base de données ouverte à tous. On peut ainsi voir, sur la planète, quels sont les variants qui prédominent. Des mutations, il y en a des milliers, mais certaines se trouvent dans les zones critiques du virus. Quand on voit croître la fréquence de l’un d’entre eux, on peut dire alors qu’il y a un problème et qu’il faut le surveiller. Certains sont devenus célèbres : anglais, indien, sud-africain… On les appelle les variants of concern, en français, variants sous surveillance étroite. À côté de ça, on a des variants qui peuvent être dominants et pourraient engendrer un danger potentiel dans certains pays à cause de leur mutation. L’organisation mondiale de la santé en compte 5 : on les appelle variants of interest, en français des variants à suivre. Le nouveau venu, c’est le variant Mu. Un variant à suivre parce qu’il est devenu dominant en Colombie et présent à hauteur de 15 % en Équateur. L’OMS l’a classé ainsi parce qu’il a un avantage sélectif et possède une des mutations du variant sud-africain. Or, ce dernier est plus résistant, notamment à l’AstraZeneca. Pour l’instant il ne représente que 0,001 % des contaminations au niveau mondial, concentrés dans deux pays et ne progressent pas dans le reste du monde. La dernière enquête-flash dénombre 105 cas sur tout le territoire français. Mais pas de variation à l’augmentation à ce jour.

Quels dispositifs mettre en place pour traquer l’apparition de ces nouveaux variants en France ?

Philippe Amouyel : maintenant que le variant Mu est connu, on peut faire des PCR spécifiques et il va être très régulièrement surveillé. Pour surveiller un variant, il faut avoir une stratégie de surveillance. En France, on est passé à côté du variant anglais et du variant delta, faute de séquençage. Le Premier ministre a dit que le système de surveillance avait évolué.

Philippe Froguel : selon Catherine Hill, épidémiologiste, on ne séquence quasiment plus en France. Le fameux appel d’offres lancé en juin qui devait aboutir à ce que des centres privés séquencent à partir du 1er août n’a toujours rien donné. Les centres n’ont même pas été choisis. C’est inquiétant : le mu ressemble au variant sud-africain et au variant delta donc les PCR existants ne peuvent pas les différencier pour l’instant. Il y a, c’est vrai, des enquêtes flash, mais le nombre de séquençages est bien plus faible que ce qui avait été défini lors de cet appel d’offres. Certains scientifiques pensent sans doute que, comme le variant Delta est maintenant prépondérant, à 95 %, ça ne sert à rien de séquencer. Mais on se retrouve dans la même situation qu’en janvier dernier avant l’apparition du variant anglais ou en juin, avant l’apparition du variant Delta. Ils n’inquiètent pas mes collègues parce qu’ils sont apparus il y a quelques mois et n’ont pas fait exploser les compteurs. Ils disent certes qu’ils sont plus dangereux mais moins contagieux que le delta. On avait dit la même chose avec l’anglais et l’indien, le problème avec ces souches virales, c’est qu’elles varient tous les jours. Je vous rappelle que les anglais ont bloqué la frontière avec la France parce que nous étions incapables de leur dire combien il y avait de variants sud-africains sur le territoire. En France, on a toujours le même problème : ne pas vouloir faire comme les autres. Résultat : on n’est pas crédible.

Quelles mesures prendre si un variant se révélait dangereux ?

Philippe Froguel : ce qu’on a jamais fait en France, le contrôle des frontières ! Tout le monde a bien vu que les contrôles aux aéroports étaient fictifs. On est toujours dans une course entre la vaccination, les gestes barrières et l’arrivée d’une bébête encore plus dangereuse que les précédentes.

Comment l’épidémie pourrait rebondir ?

Philippe Amouyel : le prochain problème qu’on va rencontrer, c’est la rentrée avec le rebond du variant delta, pas les Mu ou autres variants. Le problème en France, c’est le delta. L’école reprend, les parents vont chercher les enfants à l’école, les mesures barrières ne sont pas toutes prises. Et voilà, c’est reparti ! Ça se passe au Royaume-Uni qui avait abandonné toutes les mesures barrières depuis le 19 juillet. Ça se passe en Allemagne. Là-bas, les écoles rouvrent entre le 15 juillet et le 15 août. Ils sont passés de 15 cas par 100 000 habitants à 120 donc le risque de rebond existe.

Que pensez-vous du taux de vaccination en France ?

Philippe Amouyel : la vaccination, en quantité, c’est bien mais pas en qualité. Il faudrait vacciner tous les adultes fragiles. Il en reste encore 600 000 qui n’ont toujours pas été vaccinés. En France, on a 50 millions de vaccinés, mais il reste encore 10 millions d’adultes qui ne le sont pas, 2 à 3 millions sur la tranche 12-18 et 8 millions pour les moins de 12 ans : c’est dans cette poche que le virus va s’en donner à cœur joie, parce qu’ils n’ont pas d’immunité, pour le moment.

Philippe Froguel : moi, je pense qu’on ne parle pas assez de stratégie vaccinale. J’attends un vaccin de deuxième génération. Les vaccins ARN ont sauvé la vie de millions de gens, mais ils ont leurs limites : l’immunité n’est pas stable et baisse vite, on le savait, c’était prévu. Moi, j’attends le vaccin Sanofi ou celui conçu à Nantes : c’est peut-être ça la solution ! Avec les vaccins ARN, on a paré au plus pressé. Les petits vont désormais être contaminés et tout le monde s’y attend. D’où la troisième dose pour les grands-parents. Mais à terme, on aura peut-être besoin d’un autre vaccin. Je trouve qu’on ne parle pas beaucoup de l’avenir de la vaccination. Personne n’en parle aujourd’hui sauf Pfizer. Ils ont raison pour leur troisième dose. Mais rappelez-vous, ils avaient dit qu’il changerait le vaccin, mais ils ne l’ont pas fait. Pourquoi la troisième dose est la même que la première et la deuxième ? À partir de cette semaine, j’ai des collègues à Lille qui reçoivent leur troisième dose. Moi, je m’attendais naïvement à ce que le vaccin Pfizer qui sortirait cette année soit adapté pour réagir au Delta. On dit : ce n’est plus la même épidémie que celle de l’année dernière, alors pourquoi il n’y a pas de nouveaux vaccins ? On ne peut pas dire que le variant Delta est complètement différent de la souche originelle de Wuan et proposer le même vaccin. Avec le Delta, le Pfizer est trois à quatre fois moins efficace que le premier virus. Si vous avez un trouble de l’immunité, c’est une catastrophe ! Si votre taux d’anticorps baisse au bout de six mois d’un taux déjà limite, voyez ce qui se passe ! J’aimerais un nouveau vaccin qui entraîne des taux d’anticorps similaires à celui contre la souche original. On a vu les résidents des Ehpad voir leur taux d’anticorps baisser, des anticorps en nombre insuffisant pour répondre assez vite à l’infection massive du Delta présent 1500 fois plus en quantité dans la bouche que le virus original.

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