Avec 21.183.024 tonnes manutentionnées, Le port de Rouen accuse une baisse de trafic de 16,6% par rapport à 2011.
Le port de Rouen a souffert en 2012 d'un marché des céréales en berne avec un recul de 2,4 millions de tonnes entre 2011 et 2012. Par ailleurs, la situation de la raffinerie Pétroplus de Petit-Couronne a aggravé la situation. Ainsi, le trafic de produits pétroliers recule de 18,1% à 7,5% millions de tonnes. Enfin, le trafic de marchandises continuent également à baisser, de 4,1% en 2012.