Séquençage du Covid 19 : comment identifie-t-on les variants ?

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Écrit par Mathilde Riou
Une équipe d'une dizaine de médecins et techniciens de laboratoire du CHU de Rouen est en charge du séquençage des tests PCR positifs au Covid 19.
Une équipe d'une dizaine de médecins et techniciens de laboratoire du CHU de Rouen est en charge du séquençage des tests PCR positifs au Covid 19. © France Télévision/Bruno Belamri

Les CHU de Caen et Rouen sont les seuls établissements publics en Normandie à pratiquer le séquençage du COVID 19. Des équipes cherchent quotidiennement à identifier les variants du COVID 19 afin de mieux combattre le virus. Exemple au CHU de Rouen (Seine-Maritime).

C’est un petit boitier à peine plus gros qu’une clé USB qui permet de séquencer le virus du Covid-19 et donc de repérer les variants. Le service de virologie du CHU de Rouen s’est doté de cet appareil en 2020 grâce au collectif de jardiniers "Les mains vertes du cœur". La recette des visites de jardins privés a permis de remettre 26000 euros à la fondation Charles Nicolle pour financer cet équipement qui coûte 38000 euros.

Dès réception, une équipe de dizaine de personnes s’est mise au travail pour séquencer au maximum les résultats de tests positifs au COVID 19.

Alice Moisan, pharmacienne-biologiste en virologie au CHU de Rouen fait partie de cette équipe. Elle a répondu aux questions de Sylvie Callier.

Qu’est-ce que le séquençage des virus ?

Alice Moisan : "C’est la détermination de la séquence du génome viral. C’est la carte d’identité du virus. C’est comme si on lisait un livre. Chaque page a des mots, des lettres et on va aller déterminer chacune des lettres de la séquence du virus pour ensuite identifier le variant. Voir s’il y a des mutations d’intérêts."

Quels sont les prélèvements qui arrivent en séquençage ?

"Nous sommes dans un laboratoire hospitalier donc on priorise le sequençage des patients hospitalisés" explique Alice Moisan, pharmacienne-biologiste en virologie au CHU de Rouen. "Ce sont potentiellement des patients qui ont des symptômes plus lourds. On a besoin de savoir si la souche en cause pourrait être en lien avec ces symptômes plus lourds. On a la chance d’avoir, adossée au CHU de Rouen, une plateforme de dépistage haut débit avec des prélèvements de population générale. Pour ne pas méconnaître de situation épidémiologique, on séquence aussi ceux-là pour essayer d’avoir une cartographie en temps réel de ce qui circule en Normandie."

Comment le séquençage peut aider les médecins qui soignent les personnes atteintes du Covid 19 ?

Alice Moisan, pharmacienne-biologiste en virologie au CHU de Rouen : "en fonction du variant déterminé et des profils de mutation, certains patients seront éligibles à du thérapeutique : par exemple des anticorps monoclonaux. On sait que certains des anticorps monoclonaux sont efficaces sur le variant Delta mais pas sur le variant Omicron."

Quelle est la tendance des variants en Normandie à la mi-janvier 2022 ?

"On suit l’épidémiologie nationale" rappelle Alice Moisan, "le variant Omicron a pris le dessus très rapidement donc on est majoritairement Omicron (80%) même si le Delta résiste pas mal car nous avons encore des souches de Delta (20%) que l’on séquence en ce moment."

"C’est l’OMS (Organisation Mondiale de la Santé) qui repère les mutations du Covid 19 à travers le monde et qui en informe la population scientifique de tous les pays. A réception d’un test positif jusqu’à l’interprétation des résultats, il faut compter  1 jour et demi de travail aux laborantins pour obtenir avec certitude le variant concerné."

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