Riche de 40 000 pièces, le musée est en train de répertorier sa collection, un chantier gigantesque entamé il y a 4 ans.
Deuxième de France par son importance après celle du musée du quai Branly, cette collection réunit de nombreux objets provenant principalement du Pérou (cultures Mochica, Chimu, Nazca, Chancay…) et du Mexique (cultures Huastèque, Aztèque et Tiahuanaco). Créé en 1793, le musée des Jacobins à Auch compte parmi les tout premiers musées de France. Aujourd'hui, il est installé dans l'ancien couvent des Jacobins, bâtiment occupé du début du XVème siècle à la Révolution par des religieux dominicains, surnommés les Jacobins.
Le musée présente une grande diversité de collections regroupées en 5 grandes sections :
- Antiquités : collections égyptiennes et gallo-romaines.
- Art du Moyen-Âge : collections lapidaires.
- Amérique : 1ère collection de France d'Art sacré latino-américain et 2ème collection d'art précolombien en France.
- Art et artistes du sud-ouest : collection de faïences d'Auch, peintures et sculptures d'artistes gascons du XVIIIème au XXème siècles.
- Art et traditions populaires de Gascogne : collection de costumes traditionnels
