Avant de devenir un parc naturel régional, la Sainte-Baume est un lieu chargé d'histoire, et aux multiples significations spirituelles.
La Sainte-Baume n'est pas réputée que pour sa forêt. La grotte Marie-Madeleine, creusée dans la falaise, aurait hébergé la sainte pendant une trentaine d'année selon les récits bibliques. Une fois par an, un pèlerinage y est organisé : les pèlerins et des écclésiaistiques montent à la grotte avec les reliques de Marie-Madeleine pour prier.
Le lieu n'a pas qu'une signification spirituelle que pour la communauté chrétienne. Les alentours auraient été un lieu d'inhumation au septième siècle avant JC, et un culte à Artémis, déesse grecque de la fécondité, y aurait été voué plus tôt encore.
Au-delà des religions, les compagnons du devoir viennent aussi se recueillir dans le parc. Le fondateur antique du compagnonage, Maître Jacques, y serait enterré.