Après Delta, Omicron : peut-on être contaminé avec les deux variants et l'un après l'autre ?

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Écrit par CM
Même en ayant été contaminé récemment, les professionnels de santé recommandent aux cas contact de se faire tester
Même en ayant été contaminé récemment, les professionnels de santé recommandent aux cas contact de se faire tester © PHOTOPQR/LE COURRIER PICARD/MAXPPP

Selon les derniers chiffres de Santé Publique France, le variant Omicron est désormais majoritaire dans notre pays. Selon le docteur Emmanuel Piednoir, infectiologue, les personnes contaminées par d'autres variants, même récemment, ne sont pas à l'abri.

Plus de 200 000 cas positifs quotidiens et ce depuis deux jours. Le "raz-de marée" Omicron annoncé par le ministre de la santé Olivier Véran est bel et bien là en cette Saint-Sylvestre. Ce "nouveau" variant, extrêmement contagieux, est désormais majoritaire dans le pays selon les derniers chiffres communiqués ce vendredi par Santé Publique France. Il supplante Delta qui a déjà fait de nombreuses "victimes" ces dernières semaines. Des victimes qui, si elles ont eu la chance de surmonter l'assaut du virus, ne sont pas pour autant à l'abri. Le risque de réinfection qui n'était, à l'apparition de la covid-19, "qu'une éventualité théorique", est désormais bien réel comme nous le rappelle le docteur Emmanuel Piednoir, infectiologue à l'hôpital d'Avranches-Granville et professeur à l'université de Caen.

Quand la covid-19 est apparue, un rétablissement était synonyme d'immunité au virus. Qu'en est-il aujourd'hui ?

Emmanuel Piednoir, infectiologue : "Au tout début de l'épidémie, la réinfection n'était qu'une éventualité théorique et finalement quelques cas ont été décrits dans les revues scientifiques. Maintenant, on sait que ça arrive relativement souvent parce que l'immunité conférée par le fait d'avoir été en contact avec un variant n'est pas totale quand un autre variant surgit. Globalement, ça protège des formes graves, ça réduit la contagiosité mais on s'est rendu compte assez rapidement qu'il était tout à fait possible d'être infecté par un autre variant. Par contre, être réinfecté par une même souche, à ma connaissance, ça n'a pas été décrit."

Peut-on être contaminé par deux variants différents en même temps ?

Emmanuel Piednoir, infectiologue : Il y a eu au mois de juillet une nonagénaire belge qui a été le premier cas décrit de co-infection : elle a été contaminée, par les variants Alpha et Beta, par deux personnes qui étaient contagieuses en même temps. C'est relativement rare. Mais c'est une possibilité. Un des risques serait que ça fasse émerger un nouveau virus, un nouveau variant. Les deux variants, Delta et Omicron, se connaissent bien. L'image est sans doute maladroite mais ils pourraient peut-être "faire un petit", un nouveau variant qui pourrait encore disséminer très largement. C'est un des risques des co-infections. Et heureusement qu'elles sont exceptionnelles. 

La réinfection est donc plus fréquente ?

Emmanuel Piednoir, infectiologue : On le voit clairement avec le variant Omicron : on a des gens qui sont vaccinés ou qui ont déjà eu des infections avec le variant Delta ou d'autres variants qui se recontaminent plusieurs mois après avec Omicron. C'est quelque chose d'avéré. Mais en général, quand on est vacciné ou qu'on a fait la Covid, on a quand même une immunité résiduelle mémoire qui est correcte et qui empêche globalement - ce n'est pas du 100% - de faire des formes graves.

Cette réinfection peut survenir combien de temps après une contamination ?

Emmanuel Piednoir, infectiologue: Au tout début, on estimait qu'il fallait au minimum trois à quatre mois. En fait, c'est plus lié aux capacités immunitaires de l'individu à avoir une immunité mémoire plus ou moins active. Plus on a une immunité résiduelle importante, moins le risque d'une nouvelle contamination dans un délai proche sera important. Si on est un peu moins performant ou si on est en contact avec des gens très contagieux, ça peut raccourcir ce délai de réinfection. Il n'y a pas de règle : ça peut être de quelques semaines à quelques mois. Mais pas quelques jours, ça c'est sûr. 

J'ai été malade il y a un mois et je me retrouve cas contact : que dois-je faire ?

Il n'y a pas de différence de prise en charge. On est cas contact même si on a fait la Covid il y a un mois ou un mois et demi, quand bien même le risque de refaire une infection à un mois est relativement faible. Mais il n'est franchement pas nul. Et c'est pour ça qu'on prend exactement les mêmes précautions. Même si on a fait la Covid il y a un ou deux mois. A l'époque, il y a un ou deux mois, c'était le variant Delta qui était quasiment à 100%. Là, il y a eu une bascule ces derniers jours : Omicron est prédominant. La probabilité d'une réinfection par un autre variant n'est pas nulle. Il n'y aurait que du variant Delta, sachant qu'on a été contaminé par ce même variant un mois avant, j'aurais un discours différent. 

Quel intérêt de se faire tester sachant qu'on peut déceler des traces de virus plusieurs semaines après une contamination ?

Effectivement, un test PCR peut rester positif deux mois après une contamination parce qu'il peut rester des petits morceaux de matériaux génétiques du virus dans le rhino-pharynx qui sont amplifiés par la PCR, alors qu'on est plus du tout contagieux, que le virus n'est plus du tout présent.

Pour autant, le test est loin d'être inutile pour déceler une nouvelle contamination. Maintenant, le criblage est quasi généralisé pour chercher le variant Omicron. On crible beaucoup plus qu'il y a trois semaines. Si c'est de nouveau du Delta, on estimera qu'il s'agit très probablement d'un résidu de l'infection survenue il y a un mois. Par contre, si on a de l'Omicron, on saura qu'il s'agit d'un contact avec un nouveau variant. C'est un premier élément qualitatif d'identification d'une contamination : si on a deux variants différents, c'est une réinfection, si on a le même variant à un mois d'intervalle, c'est très probablement pas une réinfection, surtout si on est asymptomatique.

Il y a un autre élément, quantitatif, pour déceler une contamination. Les PCR donnent des résultats en nombre de cycles d'amplification. Plus une PCR tourne pour avoir un résultat positif, moins il y a de virus chez la personne testée. Quand on a des PCR positives à un ou deux mois après une contamination, il faut souvent plusieurs cycles de test/diagnostics pour pouvoir amplifier enfin du matériel génétique résiduel. Alors que, quand on est en phase aigue, très rapidement la machine rend un résultat positif. Quand c'est positif tout de suite, ça veut dire qu'il y a beaucoup de virus. C'est un élément qui signe également une réinfection.

Moralité ? 

Il faut garder les mêmes précautions. Vu la contagiosité d'Omicron, ce n'est pas du tout impossible qu'on soit réinfecté. Même si, a priori, le fait d'avoir été en contact avec la Covid antérieurement et surtout récemment protège vraiment des formes graves, il faut conserver la même conduite, tester et s'isoler, pour aussi protéger les autres.

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