Qu'ils soient paraplégiques en fauteuil ou atteints de troubles neurologiques, la faculté de Besançon permet à des étudiants en situation de handicap de vivre normalement. Suivre les cours en amphithéâtre, travailler à la bibliothèque mais aussi se loger sur le campus.
L'université de Franche-Comté accueille, cette cette année, 303 étudiants en situation de handicap. Un nombre qui a triplé ces six dernieres années. La faculté fournit en effet de gros efforts depuis une décennie pour favoriser l'accès des bâtiments, classes ou logements (49 sur 3360 sont aménagés), aux fauteuils roulants. Le personnel encadrant, comme les documentalistes de la blibliothèque sont sensibilisés à cette problématique.
L'université propose aussi une aide à la prise de notes et au suivi des cours. Ainsi un jeune homme atteint de troubles neurologiques influant sur son système musculaire a pu bénéficier de l'aide d'un camarade de classe. Ce dernier étant rémunéré par l'université pour son travail supplémentaire.