Le leader de la formation Euskatel a été pris dans une chute en queue de peloton. Il souffre d'une fracture de la clavicule.
Le champion Olympique de Pékin ne verra pas l'arrivée du Tour de France aux Champs-Elysées. L'Espagnol Samuel Sanchez, qui faisait parti des prétendants pour le podium à Paris a abandonné aux alentours de 14h45 sur les routes du Haut-Doubs, à quelques kilomètres seulement de la frontière avec la Suisse. Le leader de l'équipe Euskatel (12ème au général avec 2 minutes et 2 secondes de retard) a été pris dans une chute à Fessevillers, dans le secteur de Maîche.
Samuel Sanchez souffre d'une fracture de la main. Il a été évacué vers l'hôpital de Montbéliard. L'étape partie de Belfort à 13h15 avait été très nerveuse jusque là, avec un enchainement de difficultés moyennes sur la route du Tour. L'équipe Sky du nouveau maillot jaune, Bradley Wiggins, ne semblait pas encore décidée à laisser partir une échappée. Les attaques en tête de peloton se sont multipliées jusqu'à ce que cette chute spectaculaire se produise.
Le Français Thomas Voekler qui a lui aussi été pris dans la chute a pu repartir. Il a regagné le peloton une quinzaine de minutes plus tard. Pendant ce temps une échappée avec une vingtaine de coureurs s'est formée dans la côte de Maison Rouge (2ème catégorie), puis dans la côte de Saignelégier. Thibaut Pinot, le Haut-Saônois de la FDJ figure en bonne place dans ce groupe.
Cette échappée poursuit deux hommes qui mènent la tête de course : Jérémy Roy (Français, FDJ) et Frédrik Kessiakoff (Suédois, Astana) comptaient environ 2 minutes d'avance sur le peloton au moment de franchir la frontière Suisse. Il restait alors 89 km de course pour ralier l'arrivée à Porrentruy.