De nouveau, après la désignation de Dijon comme préfecture de la grande région, Jean-Philippe Allenbach, président du Mouvement Franche-Comté évoque le rattachement de la Franche-Comté à la Suisse.
Pour Jean-Philippe Allenbach, la perte du statut de capitale régionale pour Besançon est une mauvaise nouvelle et les événements prennent selon lui une tournure désastreuse pour la Franche-Comté et ses habitants. "Le Mouvement Franche-Comté, qui a pour objet « la défense de l’intérêt supérieur de la Franche-Comté et de ses habitants », n’a malheureusement plus d’autre choix, affirme-t-il, que se positionner désormais résolument en faveur d’un rattachement de la Franche-Comté à la Suisse".
Le président du mouvement Franche-Comté déclare vouloir contacter "sans plus attendre" Simonetta Sommaruga, présidente de la Confédération helvétique, pour lui demander les conditions qui seraient à remplir à cet effet tout en rappelant les conclusions d'un sondage réalisé en 2008 stipulant que les Suisses étaient favorables à ce que la Franche-Comté devienne un canton suisse.
"Ce faisant, la Franche-Comté et les Francs-Comtois pourraient non seulement sauver leur capitale, leur assemblée, leur budget et leur propre drapeau, mais, en plus, au lieu de tout perdre comme dans le cas de la fusion avec la Bourgogne, ils seraient alors gagnants sur tous les tableaux notamment en termes de pouvoir d’achat, d’emplois, d’impôts et de sécurité" estime M. Allenbach. "Bref, faire tout simplement comme Genève, ancien département français, devenu canton suisse en 1815, et qui, sauf erreur, ne demande pas aujourd'hui à revenir".
Le Mouvement Franche-Comté (MFC), ou Émoinne Fraintche-Comtè (ÉFC) en franc-comtois, est un mouvement régionaliste autonomiste franc-comtois. Il a été fondé en 2006 par Jean-Philippe Allenbach. Son siège se trouve à Besançon.
Pour les élections municipales 2008 à Besançon, le Mouvement Franche-Comté était présent sur la liste de Jean Rosselot (UMP)
