La dernière exploration remontait à 2005. Plusieurs spéléos du Comité départemental de spéléologie du Doubs ont pu exploré ce matin la cavité.
Objectif : déterminer la profondeur exacte du puits. Les données sont contradictoires. Certains disaient 125 mètres, d'autres 130.5 mètres.
Finalement ce matin, la mesure a été relevée avec un instrument électronique. Le puits fait exactement 117,02 mètres.
L'équipe a voulu aussi voir comment la cavité avait été creusée. L'ouvrage a été édifié entre 1680 et 1684.
En 1946, au lendemain de la guerre, le puits avait été sondé pour voir si aucun corps ne s'y trouvait.
Les données récoltées aujourd'hui serviront à rédiger des documents à des fins scientifiques ou touristiques.
Selon les spéléologues du Doubs, le puits de la Citadelle est le plus profond de France devant celui du château de Joux (Doubs) et celui de la Halle à Cordes-Sur-Ciel dans le Tarn.