Le variant britannique fait beaucoup parler de lui. Plus contagieux, son arrivée en France inquiète les autorités de santé. 8 cas ont été détectés à ce jour en Bourgogne-Franche-Comté. Comment les laboratoires s’organisent-ils pour identifier les variants ?
Pour identifier et quantifier les nouvelles formes du virus, la France est en train de monter en puissance dans sa stratégie de dépistage des nouveaux variants. Une note de la direction générale de la santé publiée le 23 janvier 2021 change la donne pour les laboratoires régionaux. Une nouvelle tâche leur est affectée depuis quelques jours.
Tous les tests positifs PCR sont analysés une seconde fois pour y chercher la présence du variant britannique
“Depuis le 25 janvier, tout résultat positif d’un test PCR nécessite la réalisation d’un second test spécifique permettant d’identifier les principaux nouveaux variants”, précise l’Agence Régionale de Santé de Bourgogne-Franche-Comté. Les laboratoires sont en train de mettre en œuvre les modalités pour ces nouvelles analyses. “Nous nous mettons en ordre de marche pour envoyer les tests PCR positifs au laboratoire français Eurofins Biomnis pour qu’il réalise un criblage permettant d’identifier ces nouveaux variants” explique Anne-Sophie Clere, biologiste au laboratoire CBM25 à Besançon. 150 échantillons positifs seront envoyés chaque jour en moyenne précise-t-elle. Le résultat du laboratoire situé dans le Val de Marne est attendu dans un délai de 24 heures.
Selon franceinfo, Eurofins Biomnis peut analyser jusqu'à 50 000 tests par jour. "Les prélèvements nous arrivent dans des sachets fermés avec une prescription médicale et le prélèvement du patient", explique Sébastien Guibault, le directeur général d'Eurofins Biomnis. "Forcément, tous nos tests sont positifs, mais ce que l'on constate c'est que la proportion du variant britannique est plus importante que celle du variant sud-africain ou brésilien. Ces deux mutations sont tout de même identifiées dans certains prélèvements" ajoute-t-il dans une interview à franceinfo.
Les résultats et la présence de variants seront saisis dans le Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP) qui permet d’avoir une vision jour par jour de l’évolution de l’épidémie en France.
Le laboratoire Eurofins Biomnis qui est la tête de pont de la détection en nombre des variants travaille désormais sur un nouveau test capable de détecter le dernier né des variants, le variant californien.
Des produits spéciaux pour rechercher les formes variantes du covid-19
Au laboratoire BioAllan à Montbéliard (Doubs), on attend encore des précisions de l’Agence régionale de santé sur la stratégie de détection des variants mise en place par le ministère de la Santé. Anne-Laure Garand, biologiste pharmacien virologue, nous explique ce qui se passe dans son unité quand un test PCR est positif. “Notre kit permet actuellement de détecter le SARS-CoV-2, et la grippe, en revanche, il ne permet pas de détecter de quel type de SARS-CoV-2, il s’agit. On ne sait pas si c’est un variant. Il y a des fournisseurs qui ont mis au point des kits spécifiques pour détecter les variants, mais les conditions de conservation des réactifs sont très drastiques, ils doivent être conservés à -80 degrés” explique la biologiste. Les laboratoires comme BioAllan ne disposent pas de ce type de frigo. “Plus il y aura de variants, plus il faudra de kits différents pour les détecter” ajoute la jeune femme.
À Montbéliard, le laboratoire sera donc amené à envoyer ses tests PCR positifs ailleurs, pour analyse. Il travaille déjà avec l’Institut Pasteur qui effectue du séquençage. “C’est une autre technique pour trouver la séquence du génome, la définition propre du virus, chaque variant a une définition différente" précise la biologiste.
Les CHU de Besançon et Dijon travaillent déjà sur le séquençage du virus
À ce jour, 8 cas du variant dit « britannique » ont été recensés en Bourgogne-Franche-Comté a indiqué l’ARS le 26 janvier.Les autres variants de la COVID n’ont à ce stade pas été identifiés.
La coordination de la surveillance génomique des virus SARS-CoV-2 relève des missions du Centre national de référence (CNR), basé à Lyon et Paris. Les CHU de Dijon et Besançon rattachés au réseau CNR-ANRS, sont en train d'accroître leurs capacités de séquençage du virus, ce qui permettra de disposer d’une information plus complète sur le niveau de circulation des variants en Bourgogne-Franche-Comté. Et d'en découvrir qui sait de nouveaux.
Les variants détectés à terme dans les laboratoires régionaux ?
Selon le syndicat national des biologistes, l’objectif est, qu'à terme, c’est-à-dire dans les prochaines semaines, tous les laboratoires réalisant des tests PCR puissent identifier le variant en même temps que la positivité ou non de l'échantillon. Et ce, en gardant un délai de résultat de 12 heures. “On n’en est pas encore là” nous confie un biologiste du Doubs contacté par téléphone.
Le variant anglais présent dans 10% des tests positifs en Ile-de-France
En cherchant les variants, forcément on va les trouver. Et de plus en plus nombreux. Le variant anglais représentait 9,4% des cas dépistés en Ile-de-France entre le 11 et le 21 janvier, une progression qui augure d'une prochaine hausse "très significative" du nombre de malades, ont indiqué mardi 26 janvier des médecins de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP). Le taux de présence du variant anglais analysé sur 10000 tests PCR les 7 et 8 janvier, était de 2,5% au niveau national.
Que se passe-t-il si une forme de variant du covid est détectée sur votre test ?
Si vous êtes positif à une forme de variant du covid après la double analyse de votre test, des actions de contact-tracing seront déclenchées de façon prioritaire et renforcée par l’ARS et l’Assurance Maladie indique le ministère de la Santé.
