Avec 1.000 passagers par jour en moyenne au lieu des 3.000 escomptés, la fréquentation de la gare de Besançon Franche-Comté TGV est loin d'atteindre les chiffres annoncés par le prévisionnel. Certains commerces situés dans le hall ont déjà mis la clé sous la porte.
Situé en rase campagne à 11 kilomètres de Besançon, l'édifice a des allures de gare fantôme. Hormis les voyageurs en transit qui traversent le hall pour prendre leur correspondance, pas grand monde vient animer les lieux. En service depuis le 11 décembre 2011 sur la ligne à grande vitesse Rhin-Rhône, elle devait recevoir plus d'un million de voyageurs par an. Les commerçants, les chauffeurs de taxis et les élus ne peuvent que constater que la fréquentation est loin d'atteindre ce volume.